永曆十六年（1662）成功病逝，其子鄭經繼位。但因台灣方面有人另立成功之弟鄭襲繼承王位，故鄭經迅速率軍東征台灣，繼延平王位。內亂平息之後，鄭經將台灣交給顏望忠鎮守，台灣南北部之軍事交給黃安指揮，自身轉回廈門駐守。永曆17年9月滿清與荷蘭聯合出兵攻打廈門，雙方激戰後，鄭方損失慘重，鄭經不得不由金廈撤退，退守銅山，翌年春鄭經退守東都。永曆十八年（1664）鄭經重定台灣行政區域，改東都為東寧，改天興、萬年二縣為州，各設知州，增設南路、北路二安撫司。至康熙二十二年（1683）鄭克塽降清為止，台灣皆維持一府二州三司的建置。鄭經執政期間另將承天府分為東安、西定、寧南、鎮北四坊，天興、萬年二州下設文賢、仁和、永寧、新昌、仁德、依仁、崇德、長治、維新、嘉祥、仁壽、武定、廣儲、保大、新豐、歸仁、長興、永康、永豐、新化、安定、善化、感化、開化等二十四里；原住民則以社統轄。這四坊二十四里的建置到清領時期仍被清廷沿用。鄭氏治台時期，坊設簽首，里設總理負責處理民事，整理戶籍，舉凡人民之遷徙、職業、婚嫁、生死都報於簽首、總理，每年仲春之月再由簽首、總理彙呈於官府，由官府考核善惡，裁定賞罰。至於中央官制，除再設置諮議參軍外，又置察言司、承宣司、審理司、賞勳司和中書科等職官，自鄭經響應三藩西征至西征失敗反台以前，台灣政務幾全由陳永華負責決斷。