鄭經即位後至鄭克塽降清期間，鄭清雙方的對峙約可分為三個階段。第一階段為1663年至1674年，鄭清雙方和諧自保，也就是這段和平安定的期間，使臺灣在教育、經濟上皆有長足的進步。第二階段由1674至1680年，此值滿清內部發生三藩之亂。這是由於清帝國入主北京後，冊封有戰功的明朝降將吳三桂等三人為王，稱為「三藩」。之後隨著三藩權力越形擴張，清聖祖康熙皇帝慮其尾大不掉，遂實行撤藩，吳三桂等人起兵反抗，史稱「三藩之亂」，這是發生在1673年的事情，鄭經也應邀參加這次的策反，只是最後以失敗收場，也使得鄭清雙方實力相互消長，而進入第三階段。在1680至1683年間，清帝國國勢日盛而明鄭內部隨著鄭經逝世而發生政變，終在清廷的武力攻擊下投降。三藩之亂期間，駐福建之靖南王耿精忠邀鄭經率軍隊入閩，鄭經決定趁機共同討伐清帝國，乃以陳永華留守臺灣，並令其子鄭克臧監國，而於1674年親率大軍西征。鄭經率軍西進轉戰福建、廣東各地，曾一度擁有福建南部與廣東東部地區，頗有獨霸一方之勢。但由於鄭經與耿精忠、尚可喜不和，抗清步調不一，耿精忠向滿清投降後，鄭經面對十餘萬清軍的正面攻擊，逐漸處於不利的地位。不久鄭氏軍隊為清軍所敗，數年轉戰所得閩南粵東之地盡失，鄭經再退守金、廈。此後，鄭氏與滿清在閩南地區形成拉鋸戰。在此情勢下，滿清一方面採堅壁清野政策，一方面在漳州設「修來館」專事煽動鄭氏文武官員來降，使得鄭軍士氣大受打擊。1680年2月，鄭軍與清軍在泉州交戰，雖獲小勝，但鄭經見軍心不穩，乃於3月撤兵回臺、澎。