1533年，當西班牙探險家皮薩羅(Francisco Pizarro，1475-1541)滅掉印加帝國後，秘魯就淪為西班牙的殖民地。1542年，西班牙王室在利馬設總督府，建立秘魯總督區，統治整個南美地區。當時秘魯商業發達，商人操縱著大部分南美的進出口貿易，西班牙人從南美掠奪的貴重金屬及其他物資均從秘魯運出。而在新政權統治之下，祕魯的印第安人雖受王權保護，但實際上他們比過去印加帝國時期遭遇更慘。西班牙的殖民者在秘魯大肆侵占土地，強制推行「米塔制」，迫使印第安人到遠離家鄉的礦場服勞役。印第安人雖然得到微薄的工資，但最後又被政府以貢稅的名義徵收回去。為了反對西班牙的殖民統治，印第安人曾有多次反抗，譬如1780?1781年的圖帕克?阿馬魯(Tupac Amaru II，1742-1781)起義雖未成功，卻是祕魯爭取獨立和原住民權利運動的重要人物。1808年，拿破崙派軍入侵西班牙，導致拉丁美洲的獨立運動。在新大陸的克里奧爾人趁機成立自治政府，進行改革。但是秘魯的克里奧爾人並沒有這麼做，因為他們擔心他們與西班牙的爭鬥，會引起像1780?1781年的圖帕克?阿馬魯等印第安人的暴動。再加上秘魯是西班牙在南美的軍事堡壘，若要獨立，需要有強力的外援。曾於阿根廷為祖國獨立而戰的聖馬丁，在1820年率領軍隊於秘魯登陸。他為解放秘魯而來，秘魯人紛紛投在他的麾下。1821年祕魯總督退往東部山區， 7月28日，聖馬丁凱旋進入利馬，宣布獨立。但因聖馬丁未追擊西班牙軍隊，使得祕魯總督得以利用採礦所得的白銀招募軍隊。此後由玻利瓦繼續與西班牙軍隊作戰。1824年在阿亞庫喬戰役(Battle of Ayacucho)中西班牙軍隊被徹底擊敗，秘魯終於獲得獨立。