西班牙與葡萄牙為了管理龐大的中南美洲土地，設立了殖民地政府。西葡兩國在16世紀是君權國家，一切權力屬於王室，國王是殖民地最高的權威。王室為殖民地制定法律、執行法律，並作出法律裁決。他們派遣對王室效忠的官員前往新大陸，而新大陸的美洲人只能擔任低級職務。西葡兩國對新大陸的管理方式大致相同。西班牙國王在新大陸的主要代表是總督，他是國王的影子。總督在殖民地擁有相當大的權力，包括指派殖民地的官員和負責殖民地的防務。他必須監督軍事戰備情況，執行國王的法令及徵收稅款。不過，總督的權力也會受到其他官員的制衡。在殖民地政府中還有一個重要的部門檢審法院(audiencia)。法院負有司法責任，但也負有諮詢和管理殖民政府的權力。總督通常在許多行政和司法事務上徵求法官們的意見，而當總督離開首府時，法院最高官員通常代行管理。殖民地官員在任期屆滿後，法院要對所有官員(包括總督)進行審查考核。西班牙在美洲共設置了新西班牙(New Spain)、祕魯(Peru)、新格拉納達(New Granada)、拉布拉他(La Plata)4個總督轄區。由於總督管轄地區廣大，因此在總督轄區以下設有行政區(presidencias)和都督轄區。行政區長官和都督的下屬是省長、監督官(corregidores)和市長(alcaldes mayores)，他們負責市鎮和其他分屬領地中的行政事務。這些次要的官員在其轄區內擁有行政、司法權，以及有限的立法權。地方上，一些不受總督轄區直接監督的市政府，擁有相當程度的自治。最初，市政官員(regidores)由擁有土地的市民選舉產生，後來，用購買或世襲的方式也可得到職位。這讓美洲出生的白人取得行使政治權力的機會，並因此得有相當的政治經驗。遇到緊急時刻，市政府會邀請當地主要公民參加會議，徵求他們的意見。這種市府鎮民大會(cabildo abierto，town council)在19世紀早期的某些地區，是殖民政府過渡到獨立政府的重要機構。18世紀西班牙王室權力增強，市政府的作用逐漸減弱。為了加強對美洲殖民地的統治，西班牙在美洲建立監督管轄區制。由西班牙出生的王室官員擔任殖民地的監督官，這些監督官擁有廣泛的司法、行政和財政權力，他們排擠了省長、地方長官及市長們，以便實行更有效的管理，增加國王收入，制止官員濫用職權、貪污成風。在財政事務上，監督官直接向王室匯報。在宗教、司法和行政事務上，他們則受總督管轄並尊重總督的軍事特權。到了1790年，這一制度遍及整個西屬美洲殖民地，直至拿破崙戰爭後，拉丁美洲爭取獨立，此制度才結束。在18世紀60年代，西班牙國王查理三世(Charles III，在位1759-1788)建立了殖民地兵團，兵團包括在美洲出生的白人軍官，目的是將保衛領地的重擔交由美洲人承擔。而對美洲出生的白人來說，擔任軍事職務不僅提高了他們的聲望，也提高了他們的社會地位。因為軍人只受軍法審判，享有免受民法管轄的特權，這讓他們成為特殊的階層。不過，這卻對日後拉丁美洲的社會產生分裂的影響。