清領初期治台措施和中國其他地方很不相同。就治安政策來說，清廷一方面頒佈限制人民渡台的命令，防止閩粵移民湧入臺灣，一方面採取班兵制度，由福建綠營抽撥兵員到臺灣換班防守。就經濟政策來說，施琅為了確保東南海疆的安全，主張對臺灣實施海禁政策，嚴格限制商船、漁船的數目，造成台民在貿易魚獲上利益受損；為了防止漢番衝突，更實施封山政策，禁止漢人越入番界私墾荒地；且為了確保軍需米充足供應，在台官員曾經禁止人民種植甘蔗，要求人民種稻。在行政方面，臺灣縣廳管轄範圍過於廣大，人員編制又少，統治力相當薄弱，往往都是人民先行開墾之後，聚落已經形成，政府才尾隨其後設置行政單位，調整行政區域。此外，清廷對臺灣文武官員的任用，不僅任期特別短，且由於害怕在台官員反亂，不准官員攜眷赴台就任，導致大部分官員視渡台為畏途，到臺灣之後大多苟且偷安，並無積極作為。清領時期在台官員待遇微薄，以致貪污盛行，吏治頗為敗壞，衙門、吏差索取規費嚴重，司法訴訟無不敲詐，也常藉著稽查或逮捕犯人為名，向人民恐嚇要求賄賂，如果沒有達到目的，就會各種名目刁難或耽擱公事，如果收到規費就會加以袒護包庇。除了文職的官員利用特權索賄之外，武職的兵員也作奸犯科無所不為，清領時期臺灣軍政系統分鎮、營、汛塘三級，由福建水師提督、陸路提督統轄指揮。為了防止駐台軍隊叛亂，兵力全部由閩粵地區抽調，三年輪調一次，稱為「班兵」。班兵紀律渙散，在外盛行兼差，更嚴重的是包娼、包賭、買賣贓物、包庇盜賊等。班兵不但將福建的陋習帶到臺灣，增加地方上的困擾，更欺壓百姓，令人厭惡，不僅不能夠維護臺灣地方治安，反而嚴重干擾了臺灣政治社會的穩定。