宋代是中國書院教育發展興盛之時期，最早於北宋年間即形成嵩陽、嶽麓、睢陽、白鹿洞、石鼓、茅山等書院。這些書院多半建於唐末五代，原為個人治學或講習之所，性質為家族建立之私塾。但至宋代後，多曾受到政府的輔助與支持。而這些書院除有教學活動的講習之外，慢慢已經出現供祀的活動。後代書院的三大事業：講學、供祀與藏書，至北宋時期已經初步成形。另這些書院多有學田，做為書院的經費主要來源；書院主持人如「山長」、「院長」、「洞主」的名稱，也在這段時期出現。南宋時期的疆域範圍雖不如北宋，但書院教育之發展更勝於前期。所轄區域各地多有新書院之設立，此外更突破民族居住地域之限制，於少數民族聚居之黎州（四川漢源北）設立玉淵書院。當時在書院教育發展過程中，南宋理學家如朱熹、呂祖謙等人曾扮演相當重要之角色。由於理學一度被政府打壓，故當時各派理學家，只好以書院作為講授與傳播理學的重要根據地。後來理學受到南宋朝廷之重視，書院的發展更勝於前；而雕版印刷業的興盛，更為書院的藏書提供發展之基礎。兩宋時期，書院的名師倍出。以北宋時期而言，書院的著名主持人或講學人有：孫復，人稱「泰山先生」，聚眾講學於泰山。石介，從孫復問學，為宋代理學之先驅。周敦頤，人稱「濂溪先生」，精於易學，其學派被稱為「濂學」。曾鞏，唐宋八大家之一，曾於撫州建興魯書院講學。程顥，人稱「明道先生」；程頤，人稱「伊川先生」，二者同為宋明理學奠基者，所創學派稱為「洛學」，曾講學於嵩陽書院，著作被編為《二程全書》。南宋最有名之書院教育家為朱熹，號晦菴，集北宋以來理學思想之大成，認為宇宙先有理，後有氣，三綱五常為天理之展現，提倡格物致知以窮盡天理。其所創學派稱為「閩學」，與二程之洛學合稱「程朱學派」。曾於城南書院、嶽麓書院溪山書院、螺峰書院、白鹿洞書院講學。於白鹿洞書院時，曾制訂〈白鹿洞書院揭示〉等著名學規，後廣泛沿用於元明清各朝書院之規範中。元帝國在征服原南宋版圖前，書院教育不但沒有得到發展，更因戰亂之緣故，許多地區之書院更毀於戰火之中，如鳳崗書院、嶽麓書院、石崗書院、龍江書院、文明書院等均是。後因新政權建立，且為消除漢人知識分子的敵對情緒，對書院採取鼓勵協助之作法。最早書院之恢復與新辦限於南方地區。後來書院之發展則擴及北方與全國各地。唯至元末大亂時，不少書院又毀於戰亂之中，如白鹿洞書院、嶽麓書院、紫陽書院、鵝湖書院等。元代書院主持人較有名者為：宋濂，曾講學於東明書院，明朝政權建立後，奉命修元史，並任總裁官。馬端臨，曾任慈湖書院與柯山書院山長，宋亡後不仕，歷時二十餘年編著《文獻通考》。