1958年，歐洲統合運動中扮演重要角色的法國進入「第五共和」，在戴高樂的主導下，法國的內政與外交丕變，「戴高樂主義」強調國家至上與民族至上，法國在此理念的領導下，對走向聯邦化的歐洲統合運動採取抗拒的態度，也敵視美國在西歐的領導地位，以致當與美國友好的英國想申請加入共同體時，遭到拒絕。戴高樂對歐洲的期望不同於以往，他希望建立一個歐洲人的歐洲，以主要國家間的同盟為主，使歐洲進展成為一個「莊嚴的邦聯」，並更改統合走向，轉向「政府間合作」，而非主權的釋放，並拒絕超國家組織措施的推動，這樣的理念便使得歐洲統合遭遇障礙。1965年，歐洲共同體執委會主席賀爾斯坦，基於當年七月起成員國分攤共同體財政的辦法即將失效，想要將共同體的農產品徵稅當作共同體的自主財源，以便供應1970年前即將建立的共同農業政策基金之經費，但此舉引起戴高樂的強烈不滿，在討論無效之下，法國政府便展開為期六個月之久的「缺席政策」（The policy of the empty chair）。但是法國政府各部長停止參加部長理事會，造成共同體癱瘓長達七個月之久。直到1966年1月所達成的《盧森堡協議》（Luxembourg Compromise）才化解此一危機，但其條款卻因為遷就現實而嚴重違背歐洲統合的精神；80年代中期以前，統合運動中的整合策略被合作策略所淩駕，部長理事會的決策需全體一致決，使共同體常常行動遲緩。1969年戴高樂因公民投票失利而辭職後，歐洲共同體往後十年的發展，雖令人沮喪，卻也具有決定性。