1626年，西班牙人到達北臺灣後，道明會士馬地內士也隨之抵達，遠征軍在雞籠港建城不久，他們即在島上蓋了教堂，執行官兵的教務之外，同時對附近住民傳教。西班牙人佔領臺灣初期，島上有1500戶住民，因為被砲聲嚇到跑到山中避難，遺留的食物被西班牙人搶走，讓他們相當憤怒，全靠宣教師從中安撫、疏通，住民的態度才趨於軟化。當時宣教師們所採用的傳教方法是，先從住民子弟開始，逐漸使教義在村落間散佈。馬地內士也希望能在淡水傳教，因為淡水離中國很近，後者是他很想傳教的地方，1628年，他隨著遠征軍抵達淡水，企圖向附近的村落傳教，可惜在隔年8月因溺水而亡。接著到淡水傳教的是愛斯基委(Jacinto Esquivel)，當時淡水社的原住民相當不友善，是西班牙人統治淡水的難題，但是愛斯基委耐心的教化了他們，還在淡水建立一座教堂。愛斯基委努力學習當地語言，編過一本《淡水語詞彙》(Vocabulario de la lengua de los Indios Tanchui - en la Lsla Hermosa)，並且翻譯了一本《淡水語教理書》(Doctrina cristiana en la lengua de los Indios Tanchui - en la Isla Hermosa)。憑著他的努力，淡水地區的傳教工作進行得相當順利。另一位是伐愛士(Francisco Vaez de Santo Domingo)神父，前往賽納社傳教，還促成賽納社與北投社之間的和平。1633年1月間，賽納社住民因不滿他往來兩地的傳教活動，而加以殺害。接著到淡水傳教的是基洛斯(Theodero Quiros de la Mandre de dios)，1633年抵達後，先任淡水教堂司牧，隨後轉任金包里教堂。1635年，慕洛(Luis Muro)奉命來臺灣，居住在淡水教堂，負責淡水河流域的傳教活動。他對伐愛士神父被殺的事情一直耿耿於懷，立志要以天主教來開化賽納的原住民。他向淡水的守將要求不追究兇手，然後致力福音工作，可是第二年，卻因為勸募糧食的事情被也賽納社人殺害了。西班牙人後來也注意到臺灣東海岸地區，在當時蛤仔難(Gabaran，現今宜蘭一帶)有40個以上的部落，住民生性剽悍，西班牙人決心討伐，獲得不錯的成果，不久東北海岸亦納入西班牙勢力範圍，宣教師很快便在當地傳教，擴大宣教師的活動範圍。西班牙人佔領臺灣初期，到臺灣的傳教士很多，但是1635年以後，因為經費困難 ，來的人漸漸少了。雖然傳教時間很短，但是成績還是相當可觀，至荷蘭統治時代，還有很多原住民能講西班牙語，荷蘭人探勘金礦時，往往需要通曉西班牙語的人才，並且以西班牙貨幣作為餽贈原住民的禮物，由此看來，西班牙人在北部臺灣的時間雖短，卻有其影響，這也要歸功於傳教士的貢獻。