元朝時期「海漕」情形：海上航道前後有三次變更：第一次航道從至元十九年(1282)沿用到二十八年，主要是沿著海岸線航行，但是會遭遇到暗沙擱淺，航線艱難曲折，航期則長達兩月餘。於是在至元二十九年開闢新航道，部分取遠洋航行，路線較直，航期縮短為半個月到一個多月。至元三十年又開新航路，自劉家港(今江蘇太倉縣瀏河鎮)航行海路至崇明三沙(今上海崇明西北)，東行入黑水洋(江蘇北邊以東一帶海面)至成山(今山東榮成縣成山角)，然後西北航行入直沽。此路線主要取遠洋航行，順風十日即可駛達。有時糧船也從山東半島或直沽口外分道駛往遼東。此外，福建至浙江、江蘇之間也常有糧船往返。漕糧分春夏二運，至元三十年新航道開闢前，一般是正月集糧，二月起航，四月至直沽，五月回帆運夏糧，八月重返本港。新航道開闢後，起運時間一般為三月。為便利航行，在航途上樹立航標，確立港口導航制，編出通俗的口訣，對水文和氣象進行預測預報，有助於開發中國東部海域的航運。同時，海運的開通和發展，加強了南北物資和文化的交流，促進了造船技術的提高和國外貿易事業的發展，沿海城鎮也由此而繁榮。元代雖然可以透過海運得到南方糧食的接濟，但是海運畢竟有風險，史書記載：「然風濤不測，糧船漂溺者無歲無之，間亦有船壞而棄其米者。」為了尋求更穩定、便利的漕運方式，於是持續進行運河的規劃、修築。元代大運河全長三千多里，可分為下列各部分：從北京至通州的通惠河；從通州南入大沽河，西南接御河的通州運糧河；從天津南至臨清，接會通河的御河(即衛河)；從臨清至東平路須城的安山，接濟州河的會通河；從須城的安山到濟州，接泗水入黃河的濟州河；從黃河到揚州入長江的揚州運河；從鎮江經蘇州、嘉興達杭州的江南運河。元朝滅南宋後，仍依靠舊運河進行水陸轉運，其路線是：由長江輾轉入淮河，逆黃河而上達中灤旱站(今河南封丘西南、黃河北岸)，陸運一百八十里至淇門(今河南浚縣西南)，入御河，再船運至大都。這條隋唐以來的運河舊道，因歷經變遷，久不通暢，漕運諸多不便，所以元朝政府著手陸續修鑿大運河。1.「濟州河」：始鑿於至元十三年(1276)一月，至元十八至二十年，由奧魯赤主持引汶水、泗水，從濟州(今山東濟寧)西北到須城安山(今山東東平西南)開鑿一條一百五十多里的濟州河。漕路由淮河入泗水(今中運河)，經濟州河北達安山，出大清河(即今黃河下游)，經東阿(在今山東東阿南)、利津入海，然後由海運入直沽(今天津大沽口)達大都。此後因海口淤沙壅塞，運道不通，又改由東阿陸運至臨清(在今山東臨清南)入御河。至此，元代南北航運已大致溝通，所不通者，僅東阿和臨清之間一二百里的旱路。會通河開成後，濟州河也通稱會通河。二十四年實行大規模海運前後，元朝主要是實行海運、水陸和海河轉運並重的辦法以解決漕運問題。2.「會通河」：至元二十六年採用壽張縣(今山東梁山西北)縣尹韓仲暉等人的建議，派李處巽主持開鑿會通河，從安山的西南起，分梁山濼(即梁山泊，在今山東梁山、鄆城等縣間)的水源北流。經壽張西北到東昌(今山東聊城)，又西北到臨清入御河。全長二百五十里，歷時六個月完成。中建壩閘三十一處。至此南北航運已全線溝通。而黃河在宋、金之際奪淮入海後，北面的一條故道久已減弱，會通河開鑿後，黃河的一部分水流便可由此流入御河，北流入海，御河因此有「北黃河」之稱。3.「通惠河」：早在中統二年(1261)，郭守敬即上水利條陳六條，其中之一是建議引水通金代中都(今北京)，東至通州的舊漕河，南向開河至楊村(今天津武清)，但通州至大都五十里之間，水源缺乏，仍然需要陸路運輸。因此，至元二十八年郭守敬又建議疏導昌平縣白浮村神山泉，過雙塔、榆河，引一畝、玉泉諸水(在今北京昌平境)至大都西門入城內，匯為積水潭，再東南出文明門(今崇文門)至通州高麗莊入白河。全長一百六十四里，置壩閘二十一座。隔年河成，賜名「通惠」，這樣，漕船即可一直開進大都城。4.「通州運糧河」：通州南下至白河北運河北段一段，上接通惠河，下通大沽河，是南北航行的要道，但是，它所依賴的潞河(由白、榆、渾三水合流而成)水源不足，河道水淺。至元三十年，元世祖忽必烈採納漕運使司的建議，另引小渠水入榆河，增加流量，便利行舟。5.疏浚「揚州運河」與「鎮江運河」：揚州運河相當於舊邗溝，滅宋後，此河逐漸壅塞。至元末年曾加疏治，但成效不大。延祐四年(1317)始疏浚暢通。鎮江運河屬江南運河，從鎮江至常州武進縣呂城壩(今江蘇丹陽東南)，長一百三十一里。至治年間(1321?1323)疏鑿，河面加闊至五丈，底闊三丈，深六尺。同時又開浚了鎮江運河的重要水源練湖(今江蘇丹陽北)。元代大運河的溝通，促進了南北經濟文化的交流及中外貿易的發展，也為明代運河的暢通奠定了基礎。明初，太祖朱元璋定都南京，地處江南，糧秣供應無虞，所以沒有大規模修建運河。靖難之後，成祖移都北京，一開始轉漕東南時，是水運陸運都採用，水運方面仍然採用元人之舊法，利用海運。以其風險過大，所以下令修建運河，等到會通河開鑿完成，海運陸運同時停止，專用運河運輸。明代漕河共分有七段，以其地名及特色被稱為：白漕、?衛漕、閘漕、河漕、湖漕、江漕、浙漕。明時各河道修築情形如下：「白漕」即通濟河：源出塞地，經密雲縣霧靈山，為潮河川．而富河、罾口河、七渡河、桑乾河、三里河俱會於此，名曰白河。南流經通州，會合通惠及榆、渾諸河，亦名潞河．全長三百六十里，至直沽與黃河交會往東注入海。楊村以北，地勢較高，居高臨下，河床底部多淤沙．夏秋兩季水漲時會有水患，冬春兩季水少時則苦於水位低淺．衝潰堤防水道遷徙，頗與黃河相同，尤其在武清、通州間。自永樂至成化初年，潰決了八次，每次都要徵發民夫築堤。英宗正統元年時的潰決，為害甚大，朝廷特別下令調派五軍營卒五萬人及徵發民夫一萬人修築堤防．又調派五萬人，在離河西務二十里地方，開鑿一條河道，引導白水注入其中，等到二處工程都完工後，十分方便，於是朝廷賜河名曰：「通濟」。「衛漕」即衛河。源出河南輝縣，至臨清與會通河會合，北達天津。自臨清以北皆稱衛河。「閘漕」即會通河：北至臨清接衛河，南至濟寧以南接泗水、黃河，由於地勢較高，所以沿線建有許多船閘，因此又被稱為「閘漕」。明永樂九年(1411)重開，會通河以汶、泗二河為源，但枯水季節水量不足，要依靠匯集沿途泉水濟運，明代統計的泉源有三四百處。汶水的水量最多，先由堽城壩分引經洸河至濟寧，後主要由戴村壩引水至南旺向運河兩個方向分水。另在兗州城東築金口壩，壅泗水西引合洸水至濟寧入運河。為調節各季節水量的不平衡，利用運河沿岸的湖泊窪地調蓄，稱為水櫃，其中主要有﹕安山湖、蜀山湖、馬踏湖、南旺湖、馬腸湖、獨山湖、昭陽湖和南陽湖。「河漕」即黃河：上自茶城與會通河會合，下至清口與淮河交會．其路線有三條：中路稱為濁河，北路稱為銀河，南路稱為符離河。因為使用黃河水源，所以河流遷徙無常，往往是上游苦於會潰決，下游則苦於會淤塞。運道自南而北，出清口，經桃、宿，沿著二洪，注入鎮口，全長五百餘里。自二洪以上，黃河與漕河不相互影響，開闢董溝之後直河會有淤塞現象，這條運河路線利用黃河河道有二百六十里長，董溝以上，黃河與運河分離，又不會危害漕運了。「湖漕」：從淮安到揚州這三百七十里之間，地勢低平積聚湖水，是一片沼澤地，山陽地區有管家湖、射陽湖，寶應地區則有白馬湖、汜光湖，高郵地區則有石臼湖、甓社湖、武安湖、邵伯湖，為了避免淮河的侵襲，特地修築高家堰拒阻其河水，又修築王簡、張福二堤以防止水洩，為了防止淮河水流過強影響通航，又開鑿淮安永濟、高郵康濟、寶應弘濟三條月河（為減殺水力，開鑿成的偃月形的河道。）以方便通行船隻，到揚子灣東邊，則分成二道：一條由儀真通長江，可通行運載湖廣、江西地區糧食的船隻；一條由瓜洲通西江嘴，可通行運載江、浙地區糧食的船隻。本來不是河道，利用諸湖之水築成，所以稱為「湖漕」。「江漕」、「浙漕」：湖廣地區的漕船會經由漢水、沔水沿江而下潯陽，江西地區的漕船則由章江、鄱陽等地會於鄱陽湖口，會合明代南直隸（南京）地區的船隻，從儀真地區通過船閘。瓜州、儀真之間，是運河水道的重要區段。鎮江至杭州段總稱江南運河或轉運河。又以蘇州為界分為南北兩部分：其北段稱丹徒運河，漕稱「江漕」；其南段稱浙江運河，漕稱「浙漕」。