台灣割讓前全台人口約兩百四十萬人，以清領時期台灣的軍備與防戍來說，在劉銘傳時代台灣駐軍有防營三十五營、練軍三營，依照當時的編制一營約五百人，但實際人數大概只有三百人，總駐軍人數約在一萬五千名左右。邵友濂時代無力節制軍隊，將其中一部分撤回中國大陸，僅存二十餘營，使得台灣的防備大為減弱，但仍整頓勇營，擴大機器局，對日本的作戰做了初步的布置。甲午戰爭即將爆發之時，邵友濂分南、北、澎湖三路防守，並奏請南洋艦隊之南琛、威靖等兩兵輪來台協防，且將所儲存的百餘枚水雷發配至各港口以利防守。甲午戰爭爆發後，清政府令福建水師提督楊岐珍及廣東南澳鎮總兵劉永福來台協防，邵友濂並託丘逢甲負責團練。此時朝廷認為邵友濂不知兵，改派曾於清法戰爭中立功台灣布政使唐景崧接任巡撫。唐景崧改原有的團練為義軍，並與南洋大臣張之洞聯繫，派員至中國沿海招募士兵。一八九五年五月，台灣的兵力狀況約有一百五十營，人數約三萬餘人。台灣民主國成立後，唐景崧改巡撫署為總統府，改布政使司為「台灣承宣布政總理內務衙門」，以原刑部主事督辦，原禮部主事李秉瑞、副將陳季同為會辦，掌管內政事務。改台灣營務處為「台灣軍務衙門」，以李秉瑞為督辦，刑部主事為會辦，負責國防行政業務。另設「台灣總理各國事務衙門」，以陳季同為督辦、李秉瑞為會辦，專職辦理對外交涉事務。其次，任劉永福為台灣民主國大將軍，任丘逢甲為義軍統領，任姚文棟為遊說使，專赴北京說明台灣民主國的成立情形。地方行政劃分繼續延續清制，除澎湖被日軍佔領外，仍分三府一直隸州、三廳、十一縣。此外，台灣民主國更設置議院，推舉台灣首富二品太僕寺卿林維源為議長，恩貢生陳儒林、拔貢生陳雲林、廩生洪文光、郊商白其祥等台北地方有力士紳和富豪出任議員。