荷蘭人為了拓展東亞大陸的貿易，便積極尋找適當的貿易據點，於1622年7月11日再度佔領澎湖，並決定在澎湖建築城堡。然而，明朝福建巡撫商周作和繼任的南居益皆下令荷蘭自澎湖撤退，並對荷蘭人實施海禁。 翌年正月，明朝船隊進攻澎湖，荷蘭人於是在1624年8月26日拆毀城堡，從澎湖撤退，轉往大員（今台南安平），於是台灣為荷蘭人所佔領。荷蘭人佔領大員後，立即在該地築城堡，城堡名為「熱蘭遮城」（Zeelandia）。荷蘭佔領台灣次年（1625年）以十五匹布向新港社原住民換得赤崁地方，並在該地建築荷蘭東印度公司的宿舍、醫院、倉庫等，並鼓勵漢人遷往該地，使其成為繁榮的市街，荷蘭人稱其為「普羅民遮」（Provintia），1656年荷蘭人在該地興建一座城堡，即普羅民遮城。荷蘭人在建築城堡、市街的同時，也擴張佔領範圍，不斷的討伐原住民部落，到了1636年底時，台灣南北向荷蘭屈服的原住民部落有57社。荷蘭人對於這些部落的控制方法為各社選出長老，每年需集會一次，會議中除了荷蘭當局宣達施政措施外，長老們還必須對荷蘭當局宣誓效忠。除了武力的征服外，荷蘭人還在各地建教堂、設學校，對原住民實施宗教教化。荷蘭人佔領台灣後，設法吸引中國的漢人來台，從事大規模的開墾土地，其辦法是由荷蘭東印度公司提供土地、牛隻、農具和水利設施，讓漢人以佃人的身分向該公司租用土地，土地所有權屬荷蘭王所有，稱為「王田」。 在荷蘭人利用漢人來大舉開發土地和發展農業的結果下，台灣生產的蔗糖和稻米，不但可以自給自足，還可以大量外銷。此外，荷蘭人以台灣作為其國際貿易轉運站，轉口貿易所得的利益十分可觀。然而，荷蘭人所得的巨大利益，皆為壓迫漢人而來，以致產生漢人反抗荷蘭人的「郭懷一事件」，此次事件，荷蘭當局勝利而漢人傷亡慘重，所以，1661年鄭成功來台時，在台漢人紛紛響應，最後終於將荷蘭人驅逐出台灣。