「票擬」的出現雖然在制度上擴大和延伸了內閣議政的職能，但是另一方面，卻也為皇帝怠政創造了條件。明代中葉以後，皇帝漸漸不與大臣面議大事，甚至可以不上早朝，大臣和皇帝的聯繫，常常只剩票擬的方式。不過，此一管道，卻因皇帝可以透過「留中」－將章奏扣留不發、或是拖延硃批、或是反覆要求大臣再議、甚至交由司禮監中的秉筆太監代批等方法產生障礙。司禮監代皇帝批紅，是宦官得以干政的重要憑藉。根本的原因在於廢相之後，中央的行政和決策權皆集中在皇帝一人身上，而內閣僅只能透過票擬提供意見。皇帝每日需要硃批至少幾十件章奏，事事皆要親決，有實際上的困難，但是又要維護最高決策權威的不被分割，又要對取得票擬權的內閣加以制衡，因此只能依靠宦官的協助。能夠代皇帝批紅的太監，稱作「秉筆太監」。他們在宮中的「內書堂」隨著翰林院的翰林讀書，所受的教育與一般世家子弟並無不同，他們的文字水準甚至於可以為大學士潤飾文句。司禮監因為掌握了批紅的權力，即能在皇帝的授權下，代天子發言，權勢日隆。不過，他們被限制不能走出皇城，必須與外廷的文官隔絕，他們的任免決定於皇帝的個人意志，也只對皇帝直接負責。在正常的情況下，大臣的章奏會先由文書房登錄後交司禮監轉呈皇帝。皇帝審閱後，再送至內閣票擬。其後，再返行至文書房、司禮監呈給皇帝審定。同意者，即令秉筆太監照票擬批行，否則，再下內閣重擬。所有章奏無論缺少票擬還是批紅，皆不具任何法律效力。因此，在章奏運行的過程中，司禮監與內閣已形成相互絞合的關係，被納進以皇帝為核心的決策體系之中。在此體系下，存在著皇權與內閣、皇權與司禮監，內閣與司禮監三組關係。皇權作為核心，是內閣和司禮監權力的授予者、監察者以及協調者。司禮監和內閣地位平等，職能既可相互合作，又相互制衡，司禮監的批紅雖然對票擬具有審覆權，但是同意時只能依照內閣票擬的內容；否定時，內閣若認為批紅不當，亦可執奏力爭，甚至拒絕票擬。因此，兩者無論是誰想要發揮應有的功能，都必須爭取到皇帝的信任和支持，但是皇帝的信任又不可能完全平等，難免會有所傾斜，此種傾斜便是影響明代中後期政局權力核心所在的關鍵。皇帝也正是透過此一機制，對兩者進行制衡，當閣權過強，即以司禮監抑之，反之亦然。如此，皇帝始終都是最高權力的掌握者，這也是為什麼即使有權臣如嚴嵩，權閹如魏忠賢，只要皇帝一紙命令，即可將其拔除的原因。此一體系，稱為「監閣體制」。在此體制下，六部再度歸位為國家政務的執行機構，而影響國家政局的關鍵影響力－－決策權，則在司禮監與內閣之間游移，因此各部不得不屈服於監閣權力之下，明朝中央的權力分配又出現一次重大變化。