癘氣與細菌的爭辯，也是民初中西醫論爭時的焦點之一。古人無法知道細菌之存在，所以只能用各種「氣」的侵襲，來描述人體的疾病病因，像是明代吳又可就主張「癘氣」是導致傳染病流行的元兇。但隨著時序遞移，西醫及其傳入的傳染病學愈加的深化，中西差異之鴻溝也更形加深。民初以後，西醫已經逐漸完成中文翻譯名詞的統一工作；另一方面，中國的醫科學校也都陸續開設了細菌學課程，有的還成立了細菌學研究部，所用教材多為英、美外文資料。在此背景下，對全國疾病精確定義的呼聲也日益高漲，反對中醫傳統理論甚力的余巖就說：「古無傳染病之說，皆以為瘴氣，皆以為天行，又皆以為鬼神之祟，故當一種時疫盛行之後，必有符咒祈禳迎神打醮之事」、「至於今日，除我國之外，世界文明社會，幾無人不知細菌，幾無人不知傳染病之原，為細菌之祟。故一切公眾衛生之道，易行而日精，環顧我國，依然如舊，疾病之生，先鬼神而後醫藥，不知預防，不識趨避，故時疫一起，動戕千百。」余的話反映了中國醫學界對細菌學的重視。