明州和杭州在宋代同屬於兩浙路管轄，但兩個地方在海外貿易上處於競爭的地位。明州市舶司設置的時間晚於杭州，而且是在杭州市舶司遭到廢置時所設立。淳化三年(西元992年)四月，宋朝政府罷廢杭州市舶司，並將司址移於明州(今寧波)定海縣，並以監察御史張肅為主管官員。明州市舶司設置一年後便遭廢除，又將司址移回杭州。宋真宗咸平二年(西元999年)，為了方便蕃商交易，在杭州、明州設置市舶司。宋神宗熙寧九年(西元1076年)，有意罷廢明州市舶司，專在廣州市舶司進行抽解，但最後沒有實施。宋神宗元豐三年至宋徽宗崇寧元年，明州市舶司曾遭到罷廢。宋高宗紹興二年(1132年)將兩浙市舶司官署移至秀州華亭縣，明州當地改設市舶務，受兩浙市舶司監督。此後直至宋朝滅亡，明州市舶務始終存在，成為對日本、高麗貿易的重要港口。明州市舶司設置的原因有三：一是杭州外港的航路受到泥沙淤積，貨物通行不物，欲另闢明州港來取代之。二是以明州作為對高麗、日本貿易的重要港口。三是明州物產豐富，交通便利。元代明州改稱慶元，全國本來設有七處市舶司，後來將溫州、上海、澉浦等處的市舶司合併由慶元市舶司管轄。元代的慶元仍然是中國對日本、高麗貿易的主要港口。由於對日貿易的盛行，元朝政府屢屢派遣官員前往監督，如元仁宗延祐四年(西元1317年)，命王克敬前往四明監督倭人貿易。