戰後初期臺灣的衛生行政，出現重大紕漏。其原因為：一、行政長官公署接收後，數年間出現青黃不接之現象。二、港口檢疫出現漏洞，病菌以動植物為媒介而擴散傳播。三、二二八事件後，有不少醫界菁英消失，造成醫事人才不足。四、衛生環境的破壞，以致病毒蚊蠅滋生造成疫病蔓延。經過數年的努力，疫情才被控制。戰後醫療體系產生質變。中華民國政府。援引美國系統，委請專人設計，美援改變了臺灣既有的醫療體制；人事制度雖然改變不大，但醫療儀器及設備、行事模式，轉趨美國化，醫學生也由留日，轉為留學美國。1945年前，培植醫生的教育機構只有臺北帝國大學附屬醫學專門學部及醫學部。1945年以降，由中華民國政府接收後更名為國立臺灣大學，成就國內首屈一指的醫學院校。1980年代起於臺北市中山南路擴建新醫學大樓，含蓋醫院及醫學院，提供病人及師生使用，與原有的臺大醫院舊院相互輝映。1945年以降，各地公私立醫學院校相繼設立。1949年遷臺的國防醫學院，屬軍系醫學院。1954年杜聰明博士籌辦，成立高雄醫學院，為第一所私立醫學院校。1958年設立中國醫藥學院。1960年成立臺北醫學院。1977年，中山牙醫專科學校改制為醫學院，更名為中山醫學院。1971年國立陽明醫學院誕生。1983年，設立國立成功大學醫學院。1987年奉准成立私立長庚醫學院。1994年，成立花蓮慈濟醫學院。2000年，私立輔仁大學新設醫學院。