日本領臺之後，日本佛教各宗派亦隨之進入臺灣，在各地成立寺院或說教所，對來台日人和臺灣人傳教，也展開各項社會事業和教育事業。日本佛教各教派的傳教，最初是以擔任日本征討軍的從軍布教使，隨著軍隊移駐臺灣各地傳教而開始的。初期各宗派設立臨時局，對軍人進行慰問，直到臺灣各地抗日活動瓦解，地方平定之後，才開始對一般民眾傳教。起初，渡海來臺的日人有限，故傳教的對象主要以臺灣人為主，各宗派競相設置布教所、國語講習所及開設慈善醫院，為日本政府扮演教化臺民之責。剛開始各宗派常借用本地寺廟和民宅設立傳教所，教授臺人簡易日語，教授修身和佛教通俗的教義，藉此宣揚佛教。但因不熟悉臺灣話，常會利用臺灣人擔任翻譯弘法，或是由臺灣人信徒中推舉傳教助理員，從事協助傳教和管理信徒等工作。這些宗派有些組織教會，有些在監獄或其他公家機關布教，有些分送佛教雜誌，有些還會替臺灣人治病，還會設立學堂獎勵、勸導臺灣人子弟向學，並且發起思孝會，藉此矯正風俗。 根據當時日本官方的觀察，雖然臺灣人信徒在日本佛教佈道師強力佈道之下，有逐漸增加的趨勢，但因為宗教基礎紮根不深，有些臺灣人以為只要成為信徒，就可受到特殊保護，增加福利，一旦知道並無特殊之保護究會離去，且由於各宗派爭相搶奪信徒，難免產生對立，也有不堪忍受佈道之困難而離臺者。官員認為佛教各宗派勢力增減的理由，主要在於布教師本人的勤勉與否，以及語言是否能通，傳布的宗教是否能感動人心。如果日本佛教將臺灣本地的寺廟，作為日本內地佛教之寺院，而依照宗規、宗制，受總寺之監督和保護，以求永久鞏固維持；或是能善加利用日本宗教當中，和臺灣本地宗教類似之處，加上同文同種的利多；或是能夠選擇得宜，善加利用臺灣傳統信仰之迷信而漸次引導，那麼日本佛教應大有可為。只是，雖然日本佛教佔有傳教的優勢，但因為臺灣傳統信仰早已根植人心，加上語言的隔閡，日本佛教並未在臺灣人的心中佔有重要地位。