1634-1635年間，馬尼拉的商業貿易並不順暢，中國商人供應的貨物過多，但馬尼拉的西班牙人缺乏資金購買，迫得中國商人必須削價求售，因此虧損不少。1636-1637年間，美洲至馬尼拉的大帆船停止行駛，銀元無法運至馬尼拉，馬尼拉的西班牙人苦於現金給中國商人，馬尼拉市民原本訂購的商品，有四分之三被中國商人扣押，中國商人因此離開馬尼拉，表明他們不願意再承擔損失。對馬尼拉而言，1630年代的下半期，因美洲白銀輸入減少，使得中國人帶來的貨物滯銷，價格下跌，雞籠、淡水的西班牙人亦面臨同樣的窘境。西班牙人佔領北臺灣之後，原先寄望以此重開1624年以來中斷的對日貿易，以及打開對華貿易，剛開始的時候成效還不錯，1634、1635年間，雞籠一度成為福建與馬尼拉之間的通商中心，全盛時期有多達22艘滿載貨物的船隻同時開進港內。但是西班牙人與日本人的關係一直無法改善，1638年以後日本又厲行鎖國政策，西班牙對日貿易因而中止，且鄭芝龍完全控制台海之後，禁止福建商船來雞籠，西班牙人佔領臺灣北部與荷蘭人抗衡的作用已失去其半。西班牙以雞籠為據點，與中國商人建立貿易關係，中國商人亦極願意載運商品來賣，但是西班牙人卻沒有充足的現金購買。1635年，呂宋南部不斷發生叛亂事件，西班牙人無暇顧及臺灣，新任菲律賓總督克奎拉(Sabastian Hureado de Corcurea)，認為佔領臺灣的必要性減低，決定轉移經營重心。西班牙人在雞籠、淡水派駐軍隊、設立堡壘，駐軍的薪水、後勤補給、堡壘的整修等，費用相當龐大，每年的開銷成為菲律賓總督的財政負擔，1637年，馬尼拉的菲律賓總督重新檢討對台政策。但是西班牙人無法斷然結束在台灣的經營，菲律賓總督擔心會影響西班牙在東亞海域的聲譽，亦需安撫反對者，於是只決定縮減駐軍規模，並毀棄不必要的堡壘，不僅放棄了淡水堡壘，在雞籠港，亦只保留聖薩爾瓦多（或聖救主城），只是在實際執行的時候，受到雞籠當地道明會的反對，另外保留另一個靠近八尺門的堡壘。

西班牙人也參與海域間的轉口貿易，例如向雞籠或馬尼拉的商人訂貨，然後轉賣到日本，荷蘭文獻上便曾經記載：1634年11月，有五艘馬尼拉來的中國帆船抵達日本平戶港，也有兩艘船從雞籠來，這些船載運木材、少量的絲、白糖及其他貨物，這些貨物是一位住在長崎的西班牙人訂購的。日本人也經營日本與雞籠之間的貿易，如1631年4月，日本平戶港的荷蘭商船報告說，一位日本人武左衛門派遣一艘船到臺灣的大員港，但據長崎當地人的說法，該船與自長崎出航的另一艘船其實是派往臺灣島西班牙人的要塞，文中也說到日本人到雞籠、淡水收購鹿皮，另有日本人來淡水開墾農地等，可見日本人在雞籠的貿易活動亦頗為常見。

1492年1月，西班牙依莎貝拉女王完成統一，在宗教狂熱及與葡萄牙海外財富競爭的驅使下，批准了義大利人哥倫布(Christopher Columbus)西向尋找通往亞洲航路的計畫，結果哥倫布沒找到亞洲，反而在這年10月來到巴哈馬群島和大安地列斯群島，在當地建立了西班牙的殖民地。1519年9月，葡萄牙人麥哲倫(Ferdianand Magellan)在西班牙國王查爾斯五世資助之下，率領5艘船隻和270位船員，試圖沿著南美洲南下尋找東方的航道，1520年11月，船隻首次繞過南美尖端，抵達太平洋，四個月之後抵達菲律賓，但是不久之後，麥哲倫捲入當地土著的爭執遭到殺害，剩下的115名船員於5月1日離開菲律賓向南航行，最後抵達有香料群島之稱的摩鹿加群島（Kepulauan Maluku）。滿載香料之後，為了防止葡萄牙船隻的襲擊，剩下的兩艘船分別朝反方向航行，向東航行的船試圖從太平洋回國，但還是躲不掉葡萄牙人的追擊，船隻被搶走，大部分的船員遇害。向西穿越印度洋回國的維多利亞號(The Victoria)，則幸運的經由南非好望角回到西班牙，成為世界上第一艘環繞地球一週的船。麥哲倫之後，西班牙人陸續嘗試從太平洋前往菲律賓，不是遭到葡萄牙人的攻擊，就是因為太平洋風向的關係無功而返。直到1556年，新國王菲利普二世即位，為了經濟需要與傳播天主教的狂熱，下令新西班牙(今墨西哥)的總督殖民菲律賓，船隊從墨西哥出發，1565年抵達菲律賓中部的宿霧(Cebu)之後，即開始尋找利用順風返回的路徑，終於在與日本相當的緯度，找到了回程的順風，順著黑潮抵達了現在的美國加州海岸，而後南下，回到墨西哥的阿卡普科(Acapulco)，這條路徑的發現，等於是找到了西班牙與東方貿易的鑰匙。因為宿霧並不適合當作殖民總部，1571年西班牙人轉到呂宋島上的馬尼拉，在當地與中國商人做生意，開啟了著名的太平洋貿易，馬尼拉變成南洋群島和中國的貿易中心，西班牙船隻穿梭在馬尼拉和阿卡普科之間的航路上，帶去的是中國的貨物、南洋的香料及印度的棉布，帶回墨西哥鑄造的銀元，黑潮航線成為西班牙在美洲殖民地的生命線。船隻從菲律賓回到墨西哥阿普卡科(Acapulco)港之後，卸下的貨物有的運到南美洲各地，有的由騾子載運穿越崎嶇的山區，運到靠近大西洋岸的賈拉帕(Jalapa)，換取歐洲的貨物和墨西哥銀元，最後在維拉庫茲(Vera Cruz )裝船運回西班牙，完成全球貿易的循環。

對西班牙人來說，雞籠是一個完全陌生的地方，住著不知道底細的住民，還必須擔心荷蘭人的攻擊，到雞籠港之後立即修築防禦工事，維護統治區域的安全，隨即在社寮島構築防禦工事，分別是面向雞籠港岸邊的聖薩爾瓦多城(San Salvador)，以及靠近海岸邊的小山頂上。主堡聖薩爾瓦多建在社寮島東邊，要塞的主結構鄰近雞籠港，主結構四角外邊還有小稜堡，主結構裡有一塊空地，當成一個小廣場，作為搭建兵營、火器庫房等房舍之用。除了聖薩爾瓦多要塞之外，社寮島還有三個附屬的防禦工事，聖路易士(San Luis)拱衛社寮島與臺灣本島之間形成的狹長水道，即是今日的八尺門；「聖米蘭」(San Millan)蓋在島上東側面海的山上，負責瞭望事務，又被稱為「瞭望」(La Mira)堡；「聖安東」(San Anton)蓋在社寮島中央山上的制高點，又被稱為「撤守」(La Tetirada)堡。這三座都是圓堡，也就是圓柱型的小型防禦建築，由於缺乏深厚的城牆，防禦力不如要塞與稜堡，通常是設在海邊或山上作為崗哨，並非主要防禦火力的地方。主堡聖薩爾瓦多擁有最強大的火力與兵力，是防禦領導中心，其他圓堡各司其職，聖米樣堡可偵測可能來自海上的敵人；聖路易士堡除了防阻敵人從八尺門水道進入雞籠港灣外，更是防止原住民從臺灣本島進入和平島的前哨站；位於島上制高點的聖安東堡，屏障整個島上西班牙人的防禦工事，也是西班牙人在戰事失利時，可作為暫時退守的據點。此外，長官官邸、民宅等建築，座落在聖薩爾瓦多與社寮島小山之間的平坦地區，1631年左右，此地約建有30間木造房屋，供殖民地長官與十個已婚的軍官、商務員及其他人居住。1627年，發生淡水原住民首領誘殺西班牙人的事件，1628年，西班牙提督嘉烈紐(D. Antonio Carennio)率領遠征軍進入淡水河河口，經過武力激烈戰鬥之後，讓淡水原住民大為恐慌，因而向西班牙人道歉，並提出和平共處的要求，覬覦淡水一帶豐沛稻米產量的西班牙人遂同意其要求。1628年初開始，西班牙人開始在淡水設置要塞，淡水便成為西班牙人在北臺灣的一處據點。這座聳立在今日淡水河口小山上的要塞，現代人稱為紅毛城，西班牙人取名為「聖道明城」(Santo Domingo)。這個要塞倚山面海，可以眺望整個淡水河口及控制淡水河的進出，是個建構防禦工事的好地方。可能是缺乏石材的關係，淡水的防禦工事是將大木樁深入土中，然後將木樁並聯圍繞而成，木樁底部鋪上土石，還有多門火砲架在上面，要塞使用的建築材料是黏土、蘆葦、竹子和木材，材料雖然簡單，卻成為西班牙人控制淡水河口附近原住民部落的核心。按照荷蘭人Gerbrantsz Black1629年所繪的北臺灣地圖來看，西班牙人除了蓋了一座要塞之外，還在河邊以木頭圈了一處城寨，應付船隻靠岸及搬運補給時的突發狀況，城寨內還有房舍，可能是西班牙駐軍的宿舍、貨倉及火藥庫等。

西班牙人想擺脫貿易困境，唯一的辦法就是與荷蘭人爭奪臺灣。由於臺灣恰巧處在黑潮航線必經之地，循著黑潮航線往返於太平洋的西班牙人，佔領臺灣的必要性也不斷加深，同時臺灣與菲律賓之間始終也抱持著貿易的聯繫，1626年2月，菲律賓總督斯爾瓦派遣遠征軍從馬尼拉灣出發，這支遠征軍由上尉瓦爾德斯(Antinio Carre de Veldes)率領，共有大划船2艘、戎克船12艘、士兵200名。西班牙人佔領臺灣北部的主要目的有：一、為了阻止荷蘭人的商業通道，吸引中國人和日本人前去貿易；二、想獲得一個軍事據點，以便牽制南部的荷蘭人；三、藉此向中國及日本傳播天主教，擴大西班牙的傳教範圍。遠征軍沿著臺灣東海岸航行，5月11日抵達臺灣東北部的海灣，並將這個海灣命名為聖地牙哥(Santiago)，5月12日，抵達雞籠港，西班牙人在社寮島上建立一座堡壘，稱為聖救主城(San Salvador)，還在島上約三百呎的小山上蓋了一座稜堡，以保護城堡的安全。16日，西班牙人在社寮島舉行佔領儀式，宣告佔領臺灣島、島上堡壘以及住民村落，在儀式中，由船隊的軍士長拿著島上的各種樹枝、土壤，作為所有權的象徵，在場見證的有道明會士、軍官、船長、領航員等人，臺灣北部遂成為西班牙人的殖民地。

這一場近代化的路線之爭，雙方的主張都有一定的堅強理由。戊戌政變後，雖然立憲派遭到挫敗，但仍然取得較多數國人的支持。尤其是在日俄戰爭後，日本獲勝的事實被視為是君主立憲戰勝皇帝專制的鐵證，又因為清廷下詔進行預備立憲，使得中國在這一段期間仍然是以君主立憲為政治路線的主流，革命派仍未取得多數人的支持。但隨著時勢的變遷，庚子拳亂、皇族內閣等一連串事件讓多數人認清清廷並無改革的誠意和能力，革命派最後成為清末政治運動的主流。

近代化改革進入新的階段：為期三十年的自強運動由於甲午戰爭的失敗而告結束。有識之士認知器物改革無法達到自強的目標，思想觀念大為轉變，因而進一步要求制度方面的變革。在馬關條約簽訂的那一年，康有為、梁啟超師徒二人各地舉人發動公車上書，以變法圖強為號召。國際地位低落面臨嚴峻的外交危機：馬關條約簽訂後，西方列強爭相租借港灣，劃分勢力範圍，讓中國面臨被西方列強瓜分的嚴峻外交危機。龐大的賠款財政負擔影響國計民生至鉅：馬關條約的二萬萬兩賠款與贖回遼東代價三千萬兩，再加上向西方各國貸款的利息負擔，使中國須以往後數十年的關稅作為抵押還債之用，影響國計民生甚鉅，也阻礙中國近代化建設的發展。傷害中國工商業的發展：馬關條約中一條日人有權在中國設立工廠的規定，使西方各國可以依照最惠國待遇條款要求一樣援此例辦理。造成西方各國可以就近利用中國的低廉原料與人工，商品又可以免稅納捐，使中國的工商業無法與之競爭，嚴重打擊中國工商業的發展。甲午戰爭期間，孫中山在檀香山成立近代中國第一個革命組織興中會。中國的近代化運動至此產生二個不同路線，一為支持清廷繼續推動改革、一為推翻清廷進行徹底改造。

光緒二十八年成立法律編修館，將現行律例參酌各國法律重新制訂。停止捐納實官，裁汰各衙門蠹吏差役，歸併詹事府、通政司於翰林院，裁撤路礦總局、河道總督、雲南湖北廣東各巡撫。設立督辦政務處，改總理各國事務衙門為外務部，新設立商部、巡警部、學部。與原本吏、戶、禮、兵、刑、工六部，合稱十部。光緒三十三年改巡警部為民政部、戶部為度支部、兵部為陸軍部、刑部為法部、工部和商部合併為農工商部，增設郵傳部。軍事：光緒二十九年設立練兵處，全國擬成立新軍三十六處。停止武科考試，裁減各省綠營防勇，命各省籌設武備學堂，成立常備軍，一律學習新式槍砲、改西法操練。實業：提倡實業為富強之本，命親貴大臣出洋考察。保護實業、統一貨幣、設立銀行，頒佈獎勵工商業章程。教育：廢除八股，改試策論。光緒二十七年開經濟特科，錄用外洋留學生。各省城設大學堂，各府及直隸州設中學堂，各州縣設小學堂，命各省選派學生出洋留學，停止鄉試、會試及各省歲科考試，光緒三十一年正式廢除科舉制度。其他：允可滿漢通婚，戒除纏足惡習，禁止鴉片。

立憲派認為革命將導致內亂及列強瓜分危機，應設法改良現有政府，實行立憲。革命派認為革命志在建立民國，有正當目標與嚴格法紀，因此只會有短期的革命行動，不會有長期的內亂。列強干涉方面，縱使情勢引起國際干涉，亦無須畏懼，因為如此將促使國民同仇敵慨。至於現在的政府，絕無改良的可能，也無改革的誠意，無法期待在體制內進行改革，只有將其推翻，才能挽救國家。梁啟超對於革命黨「驅除韃虜」的號召，深表反感，斥之為「小民族主義」，主張文化民族主義，認為應將國內各民族視為整體，以對抗列強侵略。革命派則是主張種族民族主義，認為必須打倒腐敗的外族政權，民國成立以後，國內各民族獲得平等才能融為一體。立憲派認為當時中國人程度尚無資格實行民主政治，即使君主立憲亦不能行，只能先實行「開明專制」，訓練人民政治能力，再轉移至立憲。革命派則引用天賦人權學說，強調自由人權是人類所共同具有，天生具備擁有的權力與能力。只要民國政府一成立，可以透過制度運作。工業革命後，西方各國貧富日益懸殊，產生嚴重的社會問題，為避免中國未來重蹈西方覆轍，革命派主張「土地國有」。立憲派則認為中國經濟社會組織優於西方，土地兼併不劇，如實行土地國有政策，將導致更多問題，強調當前應做的是獎勵資本、保護勞工。

教育是維新人士最重視的問題。籌辦京師大學堂，派孫家鼐管理，節制各省學堂，所有書院、義學、社學一律改為兼習中學、西學的學堂。省會設立高等學糖、郡城設立中等學堂，州縣設立小學堂。鼓勵地方興辦新式學堂，獎勵私人興學，勸導海外華僑開辦華僑學堂。設置各種翻譯、醫學、農務、商學、路、礦、茶務、蠶桑速成學堂。定期舉行經濟特科，挑選學生赴東西洋遊學，辦理官報，獎勵著作發明。其中廢除八股取士改試策論此一項目引起極大的爭論。澄清吏治，廣開言路，准士民上書。裁撤閒散衙門冗員提高效率。汰除詹事府、通政司、光祿寺、太僕寺、鴻臚寺、大理寺，以及湖北、廣東、雲南巡撫，河道總督。設置京卿學士，期集思廣益。都察院接有條陳事件，立即原封進呈。准藩、皋、道、府專摺奏事，州縣官由督撫呈遞，士民上書，由道府代為進呈。改上海時務報為官報。選派宗室王公遊歷外國。經濟：設立鐵路礦務總局、農工商總局。廣設農會，刊行農報，購買農器，獎勵製造發明，給予專利權，振興工商業。各省設商務局，商會，保護商務。編制國家預算。下令各省編譯農務書籍。軍事：切實裁兵仿西法練軍，力行保甲制度，改習洋操。變更武舉考試，一律改試槍砲，籌辦武備大學堂。令八旗改習洋槍、洋操，裁減綠營，逐漸實施徵兵制，各省辦理訓練新式軍隊。