1949年國民黨政府遷往臺灣之後，蔣介石意欲大規模重組黨的組織系統，而此舉又勢必劇烈衝擊黨既有的生態。事實上，在1950年7月蔣斷然進行黨務改造前，頗多周折。首先，國民黨以臺灣作為反攻大陸的復興基地，勢須維持「法統」。欲維持法統，就須將黨內所有派系遷往臺灣。可是，蔣介石終結黨內派系鬥爭的願望，亦需進行相當程度的整頓。既要維持法統，又要終結國民黨的派系鬥爭，兩個目標其實不無矛盾。地方實力派方面，如閻錫山已因國共內戰，失去山西地盤；粵系在主要領導人孫科副總統選舉失利後，亦告沈寂；桂系則是分崩離析，主要領導人李宗仁滯美不歸，白崇禧在臺遭受冷落。蔣介石透過管制海空運輸，對撤臺部隊一律進行整編，大抵而言，已成功消除戰前地方實力派的力量。不過，蔣介石最大難題在於進行黨的進一步改造。蔣主觀上，亟願即刻進行。但為了維持政權的正當性，必須維持一定人數的國民大會代表、立法委員、監察委員、黨的中央執行委員。這多少延宕了改革的時程。1949年到1950年初期，臺海局勢風聲鶴唳，一般預料中共隨時將跨海進犯臺灣。許多國民黨幹部實不願隨同蔣介石撤往臺灣。國民黨為了維持政權的正當性，著意拉攏滯留香港等地的中央民意代表、黨中央執行委員前往台灣。因此，蔣介石暫時避免過大的人事異動。特別是仍重用陳立夫為首的CC系人物，負責初期的改造計畫。又如蔣於1950年初下達命令，宣布公務員、中央執行委員、立法委員、監察委員在海外者，若一定期限內（國外兩個月，香港兩週）未至臺灣，將解除一切職務、護照、及一切薪資福利。但對於攸關「法統」，且未達法定人數的國民大會，並沒有類似的規定。反之，蔣著手修改法律規章，降低法定集會人數。立法院也在1953年9月通過「第一屆國民大會代表出缺遞補補充條例」，確保國民大會過半的人數。另外，針對第一屆立法委員即將於1951年5月屆滿任期的問題，國民黨曾就「任期延長」、「僅在台澎金馬進行補選」等對策上進行討論。最後，當局以維持「法統」為由，宣布在「反攻大陸」以前，不進行國會議員的改選。於是，造成了第一屆中央民意代表任期自1947年至1992年，長達45年的怪異現象，被稱為「萬年國會」。1950年5、6月以後，蔣介石在臺灣已初步站穩腳根，旋表明CC系領袖陳立夫與國民黨政爭矛盾有關，不能再參與黨務。陳立夫稍後被迫出國，CC系亦趨於式微，無法再掌黨務機器，在日後的黨務改造中也沒有重要的地位。經此一連串處置，蔣乃集黨政大權於一身，黨權集中於黨領袖一人。這是國民黨創黨以來，少有的情況。1950年8月，國民黨成立「中央改造委員會」，接管原有黨中央組織的職權。同時，設立新的「中央評議委員會」，安撫黨內元老，並未賦予實權。在改造工作中，蔣經國以新人之姿入進；而前三青團份子亦超越了CC系，成為國民黨新的高層權力結構。1952年，國民黨宣告「改造」完成。在大陸時期，國民黨的「訓政」，因軍事的分裂，而不能實現。及至遷往臺灣後，名義上已進入「現政」時期，國民黨反倒藉由清除黨內反對勢力、強化蔣氏父子的權力，使國民黨各級組織的混亂狀況有所改變，真正實現了「黨國」體制的構築。另外，自1949年5月20日起，國民黨當局在臺灣全島進行「戒嚴」，嚴禁集會、罷工、罷課、遊行請願等活動，對言論自由亦有嚴厲限制。是後，相關戒嚴法規時寬時研，但已使憲法保障的民主自由精神形同具文，直至1987年始宣布「解嚴」。同時，在蔣經國主導下，國民黨在臺的特務工作亦漸次加強。情治機關傾權力防制中共的顛覆活動，但有時亦以「匪諜」之名妄加於反對者。社會泛稱這一時期為「白色恐怖」時代。