宋代書院的教學方式，可以從講學方式、課程規定以及分科制度三個方面來看。私人講學是書院教學的重要精神，書院往往聘請當時著名大儒擔任書院的講師，進行學術傳授式的講學。由於南宋理學曾面臨政府的禁止，許多理學家便在書院裡頭宣揚自己的理學主張，例如朱熹、張栻、陸九淵、呂祖謙、真德秀、魏了翁等人。因此書院便成為理學學者傳播術思想的基地。關於課程規定方面。除了老師授課之外，書院教學注重學生的自我學習。為了讓學生學習更有效率，書院多會制訂立課程的先後順序。朱熹在主持書院教學的時候，要求學生們先讀《大學》，然後《論語》，再讀《孟子》與《中庸》，等到學生熟讀四書之後，進而要求學生研讀《五經》。再者從分科制度來看宋代書院的教學方式。分科教學是宋代教育的創舉，最早採取分科教學的人是北宋著名教育家胡瑗。胡瑗在蘇州、湖州擔任府學教授時，提倡了分科教學法。他學舍區分為「經義」、「治事」兩齋，「經義齋」注重理論方面的教學，學生主要學習儒家的《六經》；「治事齋」注重實踐方面的教學，所以學生學習致用之學，這就是著名的「蘇湖教法」。這種分科教學的方式率先在官學實施，後來也為宋代各個書院所沿用，紛紛採取分齋方式的教學活動。宋代書院另外值得一提的便是講會制度的產生。所謂的「講會」，指的是持有不同學術觀點的學者們，舉行聚會講學，類似今日的學術研討會。宋代眾所周知的著名講會有三次。第一次是宋孝宗乾道三年(1167年)9月，張栻主持嶽麓書院時，朱熹從福建前往拜訪，兩人一同於嶽麓書院講學，這是書院講會的先河。第二次是宋代理學盛事─「鵝湖之會」。淳熙二年(1175年)，呂祖謙邀請朱熹與陸九淵等人，在江西信州鵝湖寺進行學術討論，兩人在會中各自闡揚自己的學說主張，爭鋒相對，互有往來。第三次是在淳熙八年(1181年)，朱熹邀請陸九淵到白鹿洞書院講學。朱熹在這次的講會當中，聽到陸九淵對於《論語》中「君子喻於義，小人喻於利」一章的精彩解說，感人肺腑，不覺落淚，並在寒冷的冬天出了一身汗，朱熹對此非常感謝，且將陸九淵講學的內容銘刻石版上。可見在講會上，不同學派的學術主張，雖然爭鋒相對，卻能促進彼此間的交流。