近代鐵路為一新興事業，創辦之初在政府各部門中無所隸屬。光緒十一年，清廷設立海軍事務衙門，翌年李鴻章即以鐵路開通可為軍事上的補給，請准清廷將鐵路事務劃歸海軍事務衙門管理。自此鐵路事業在中央政府方面始有歸屬。光緒二十二年鐵路總公司成立，為掌管一部份鐵路建設與業務的機構。光緒二十四年，清廷以鐵路與礦務為最為關鍵的時政，事務繁重，於京師專設礦務鐵路總局，特派總理各國事務大臣專門負責。光緒二十九年，礦務鐵路總局裁撤，歸併商部。光緒三十二年，郵傳部成立掌管路、電、郵、航四政，下設路政司，主管部內路政之事，又設鐵路總局，專管借款及各路行政事宜。光緒三十二年（1906）正月，官督商辦的中國鐵路總公司正式裁撤，全國鐵路行政在名義上歸由商部接管，但是由於業已完工的關內外鐵路和擬議中津鎮路，以及正在修築的京張路，均在北洋大臣袁世凱的控制之下，而已完工的京漢路和正加緊修築的滬寧路，則在唐紹儀的控制之下。因此商部綜理全國路政的權威，實係有名而無實。三十二年九月，清廷改定中央官制，新置郵傳部，掌管路電郵航四政，所有商部及各督辦大臣所管鐵路，均歸該部接辦，至是中央始有管理交通事業的中樞機構。郵傳部的設立，固緣於光緒三十一年的下詔變法，改革官制，根本的原因則在於鐵路事業此時已成為政府的重要財源所在。由郵傳部歷年的主管名單可見，該部一直是在袁世凱的控制之下。於是當時擔任郵傳部中許多重要職位的人士，如梁士詒等，在袁世凱與唐紹儀等人結合僚屬，互相提攜下，隱然自成一系——即為民國以後著名的交通系。