1917年7月，兩名類烏齊藏軍，私入華界割取牧草，為駐邊川軍捕獲，送交統領彭日昇，未審遽斬，引發藏人的不滿，爆發戰事。藏軍得到英國械彈的支援，1918年1至4月間，連下數城，占領昌都，迫使彭日昇投降，並將他們解交西藏後，傷殘降人的肢體，於是邊軍望風而潰，藏軍兩路進擊，7月間與華軍在甘孜決戰，雙方隔雅礱江相望。當時英國駐寧靜副領事台克滿（Teichman）聽聞後，奔走兩方，簽立停戰協議，要點為：（一）華軍退駐甘孜，藏軍退駐德格。（二）退兵期限自1918年10月17日起一年。這項協議承認藏軍占領昌都、德格等地。雙方停戰後，北京政府於1919年12月，遣使至拉薩，與達賴十三聯繫感情，但未有積極的效果。班禪九世與達賴十三的不和，溯自清末。達賴十三第一次出逃，駐藏大臣準備將藏務交歸班禪掌理，因噶廈官員反對，而未實現。1913年，達賴自印度返回後，班禪特地自扎什倫布寺親往迎接，達賴痛恨他接濟華軍，藉詞懲罰銀四萬兩，班禪向英人借貸，勉強支付，雙方關係再次惡化。華藏對峙局面成形後，為了建立現代化的防禦武力，需要巨額的軍費開支，特別是康區所支出的戰費，因此噶廈要求藏中各寺院攤派各項費用，扎什倫布寺也在其中。班禪的隨員就此反覆申說，不符歷代的規定，但不為拉薩當局接受，達賴因此逮捕一些班禪的隨員，班禪深知態勢不利於己，他於1923年11月中乘機脫逃，藏軍追捕未獲。班禪於次年到北京謁見曹錕，暢言西藏政局及整飭邊防意見，當時北京政府內憂外患方殷，無力西顧，他只得週遊內地及東北、西北各地，宣揚佛教。