1683年（康熙23年）鄭克塽降清，但由於臺灣位於中國的邊陲地帶、面積狹小，加上與中國大陸之間又有海洋相隔，以清朝陸權國家的觀點來看，好比「食之無味，棄之可惜」的雞肋，在朝中引起了臺灣棄留的爭議。1684年施琅向朝廷上了〈恭陳臺灣棄留疏〉，力陳臺灣「乃江、浙、閩、粵四省之左護」，棄之恐使臺灣成為海盜和外國人的巢穴，突顯臺灣在軍事上的重要位置，方使臺灣納入清朝版圖。由清廷留台的原因不難了解，清朝對臺灣的治理首重軍事和治安，故而清領初期形成之城市大多因基於政治、軍事因素而興起之府城縣治。府城縣治擁有衙門和營汛，提供了安全的保障，吸引人口聚集，另外，衙門成員和營汛兵弁本身亦提升該地人口規模，因此府城縣治促進了市街的成長。其次，臺灣主分水嶺位於全島之中央偏東，南北縱走，因而河川多呈東西走向，由於河川的阻隔，使得南北往來不易，加上陸路交通尚不發達，河運成為主要的運輸方式，促成河港的興起。清領初期「一府、二鹿、三艋舺」中提及之鹿港和艋舺皆具有河港機能，扮演貨物集散地和轉運站的角色，擔負與中國大陸對渡的使命。1860年代臺灣開港後，各國商船紛紛挾帶雄厚資本來臺貿易，於是通商口岸逐漸成為人口、財富聚集之地，形成新興市鎮。這一點可由艋舺、大稻埕地位的轉換得以證明，1853年（咸豐3年）艋舺發生「頂下郊拼」，原居於艋舺一帶的泉州同安人戰敗，集體遷居大稻埕，當時的大稻埕還是人煙稀少的小村落，然而，在台灣開港後，由於華洋資本競爭，造成艋舺排斥外來投資，因而外資轉往大稻埕經營，加上茶業貿易的活絡，使大稻埕成為茶葉加工、集散、出口的重鎮，發展超越艋舺；1875年（光緒元年）沈葆楨奏請〈臺北擬建一府三縣摺〉中提到臺北因靛、煤、茶葉及樟腦等之出口，成為洋船、民眾叢集地，應增設府縣；再從臺灣建省的討論來看，劉銘傳最初欲將省城設於彰化縣橋孜圖（今臺中），但因中部以農業為主要生產方式，無力支擬興建省城所需之經費和人才，最後仍決議將省城設於臺北，說明經濟發展反過來影響行政區的設置，改變早期以縣治等行政中心逐漸發展成市街的模式。綜上所述，清領時期臺灣的市街大多因政治、軍事或經濟因素興起。唯清領後期，受臺灣開港的影響，出口貿易對城市發展的影響力日益提高，港市的重要性亦隨之提升。