1895年4月17日，日清兩國簽署馬關條約，自5月8日生效，台灣成為日本帝國的領土。割讓台灣的消息透過洋行、外國商人口耳相傳，台灣住民皆感到震驚，地方士紳推派代表向台灣巡撫唐景崧求證，並表達誓死與日本對抗的決心。唐景崧接受南洋大臣張之洞的意見，並與地方士紳商議後，電告清廷，報備將以「獨立建國」的名義謀求自立。5月23日發表「台灣民主國自主宣言」。然而，唐景崧身為民主國總統，在就職十天之後，就從淡水搭乘德國商輪逃回廈門，被戲稱是「十日總統」。民主國內部群龍無首，招募而來的「廣勇」開始對地方住民燒殺劫掠。等到日本軍由澳底（今台北縣貢寮鄉）登陸順利進逼基隆後，台北商民派辜顯榮前去引導日軍進駐台北城。唐景崧逃跑不久，丘逢甲也逃回廣東，林朝棟也隨即內渡漳州，台灣民主國形同瓦解。6月28日，台南紳民公推劉永福繼任民主國總統，劉永福堅持不就，但答應繼續領導抗日。日軍雖進入台北城，號曰「始政」，實際所能控制地區僅淡水、基隆、台北而已。經過稍事整補後，繼續向南進逼。但是日軍面對的是由胡嘉猷、黃娘盛、徐驤、姜紹祖、吳湯興所領導，以桃、竹、苗客家人為主所組成保鄉衛土的義軍，故日軍進展十分緩慢，直到8月下旬才逼近彰化。退入彰化的義軍與鎮守彰化的新楚軍及北援的黑旗軍結合，於八卦山與日軍展開約十日的殊死戰，最後在兵力相差懸殊下，義軍領袖吳湯興、黑旗軍將領吳彭年及多名抗日軍領袖戰死，彰化失陷，日本的北白川宮能久親王也於戰役中受傷，後來不治。10月初，日軍繼續南下，攻下嘉義後，為求速戰速決，乃決定除南進的陸路軍之外，另派由乃木希典、伏見宮親王率領的兩支軍隊，分別由屏東枋寮及嘉義布袋登陸，對台南實行三面夾攻。10月中，由布袋登陸的日軍，逐漸逼近台南；另一支由枋寮登陸的日軍，雖受到六堆客家抗日軍的強力抵抗，仍順利地攻取南部各地。至此，台南已受到日軍三面包圍，20日，劉永福見大勢已去，不得不由安平乘英輪逃離台南，台南紳民仿台北模式請日軍入城。21日，日軍進入台南，民主國完全瓦解，全台遂完全陷入日軍手中。11月18日第一任總督樺山資紀宣告「全島悉予平定」。