1661年鄭成功登陸臺灣後，未待荷蘭人投降即著手行政區域的規劃，是先將赤崁地區改稱東都明京，設承天府及天興和萬年兩縣。之後以東都稱呼全臺，改赤崁地區（即普羅民遮城）為承天府。天興縣的轄區在今日臺南縣以北的區域，縣治設於佳里與（今臺南縣佳里鎮）；萬年縣轄區則是包括今日臺南縣以南的地區，縣治設於二贊行（今臺南縣仁德鄉二行村）。1662年熱蘭遮城的荷蘭人投降之後，鄭成功將之乃名為安平鎮。澎湖也於此時改設安撫司，並屯戍重兵以捍衛臺灣本島之安全。這是郡縣制度首次在臺灣出現。在中央官制方面，設有吏、戶、禮、兵、刑、工等六官，六官之下設司務（後改稱都事）和協理各一員。鄭成功領有臺灣不久後，即感染風寒而亡，由其子鄭經繼位。在鄭經時期，行政制度又進一步調整。1664年，鄭經改東都為東寧，成為全臺的稱呼。同時改天興、萬年兩縣為州，各置知州，並於澎湖及南北二路設安撫司，各由安撫使治之。承天府與兩州之下計轄4坊24里和原住民各社。坊設簽首、里置總理，負責處理民事，整理戶籍。至於中央官制方面則增設諮議參軍、察言司、承宣司、審理司、賞勳司和中書科。顯見鄭經繼位後的鄭氏政權，已是一個獨立自主的王國。