林爽文起事，短短幾天就攻陷全台，清廷的據點只剩下台南府城，林爽文陣營氣勢如虹。不料在圍攻府城時，臺灣鎮總兵柴大紀拼死守禦，林爽文因被流箭射中手臂，只得暫時退回大目降(今台南市新市區)。然而此時，鹿港泉州籍義民林湊等人突然率眾襲擊彰化縣城，大殺漳人並且焚燬民房，林爽文不得不緊急率領部眾回防，莊大田也因為下淡水溪的客家庄民從背後襲擊，只好暫停攻城行動，給了官軍喘息的機會。鹿港義民林湊是泉州人，他挑起昔日漳泉械鬥的餘波，原來附和林爽文的泉州人紛紛奔向鹿港支援。林湊率領泉州義民克復彰化時，大肆搜捕漳州人，並焚燬漳人的房舍。許多漳州人被迫投入林爽文陣營，大股首陳泮為了報復，凡是泉州人房屋，也盡數焚燬。其他類似的情況甚多，可以說械鬥自始自終伴隨民變進行，義民與亂民之間常難釐清。1787年(乾隆52年)1月，福建水師提督黃仕簡和陸路提督任承恩率軍抵達臺灣，分別進駐臺南府城和鹿港，在精銳部隊的火力支援下，海壇鎮總兵郝壯猷攻下鳳山，臺灣鎮總兵柴大紀也收復諸羅。後來，乾隆陣前換將，調派湖廣總督常青率領軍隊來台平亂，然而戰果有限。3月，莊大田再度攻陷鳳山，接著與林爽文合力圍攻府城，與清軍大戰於春牛埔及桶盤棧(今臺南市東門路至大同路)，原本林爽文陣營勝利在望，沒想到莊大田手下大將莊錫舍陣前倒戈，向清軍投降，讓林爽文陣營士氣受挫。8月中旬，乾隆派大學士福康安選調各地精銳部隊赴台平亂，11月1日，福康安自鹿港登陸臺灣。福康安登陸鹿港之後，將鹿港附近駐兵略加整頓部署，鹿港一帶泉州義首，也四處招募義民，準備協助清軍平亂。4日，福康安自鹿港長驅直下，一路攻到諸羅，這支軍隊集結中國大陸各省精銳，遠比之前增援的清軍還要強悍，配備武器也相當精良，清軍沿途燒殺百餘里，林爽文部隊無法抵擋，死傷不計其數。後來，林爽文率領殘餘人馬退回大里杙，福康安兵分兩路繼續進擊，一路北上進攻大里杙，另一路從諸羅南下，進剿莊大田率領的天地會南路會眾。11月25日，清軍攻入大里杙，大里杙被夷為平地，林氏慘遭滅族，林爽文逃向集集山區。隔年1月4日，林爽文及追隨他的會黨、親族，在淡水廳老衢崎(苗栗竹南附近山區)被入山搜索的番軍尋獲，綁赴府城，隨即押往北京受審，被判處凌遲致死。南路會黨的勢力也望風而潰，莊大田於2月5日在瑯橋(屏東恆春)就捕，事件接近尾聲。