臺灣在荷據時期，似乎沒有任何漢人興辦的教育場所，當時僅有荷人、西人對原住民族所實施的語言及宗教教育。鄭氏治台以後，始有儒學教育之引入。明永曆十九年（1665年），鄭經接受參軍陳永華的建議，首建孔廟，設學校，以崇祀先師孔子，並教育漢漢人和原住民番子弟。然此時仍無類似書院組織的興辦。一直要到清臺灣清康熙二十二年（1683年），靖海侯施琅於臺灣府治首建西定坊書院，才有類似書院組織之設置出現，不過此書院雖名為書院，其性質與義學相同。清代康熙年間，由於清廷對書院的政策仍持保留態度，此時期設置的書院多為義學性質。如康熙二十九年（1690年），臺灣知府蔣毓英建鎮北坊書院；康熙三十一年（1692年），臺灣知縣王兆陞建彌陀室書院；康熙三十二年（1693年），臺灣知府吳國柱建竹溪書院；康熙三十四年（1695年），分巡臺廈兵備道高拱乾建鎮北坊書院；康熙三十七年（1698年），分巡臺廈兵備道常光裕建西定坊書院；康熙四十三年（1704年），分巡臺廈兵備道王之麟建西定坊書院……等。臺灣真正第一座中國式書院，實為康熙四十三年（1704年）臺灣府知府衛台揆所設的祟文書院。該書院原在台南府治東安坊，後移至台南府府學西側。繼崇文書院後，清廷於康熙、雍正、乾隆時期設置之書院有：康熙四十八年（1683年）設置之西定坊書院、康熙四十九年（1683年）設置之屏山書院、康熙五十九年（1683年）設置之海東書院、雍正四年（1726年）設置之中社書院、雍正七年（1729年）於今之臺南、嘉義、高雄、彰化設置之正音書院、乾隆十年（1745年）設置之白沙書院、乾隆十二年（1747年）設置之鳳閣書院、乾隆十八年（1753年）設置之龍門書院、乾隆二十四年（1759年）設置之玉峰書院、乾隆二十八年（1763年）設置之明志書院、乾隆二十九年（1764年）設置之南湖書院、乾隆三十一年（1766年）設置之文石書院。其中，明志書院於乾隆四十六年（1781年）由成履泰移建竹塹西門，原書院則改為義學。