朱一貴起事不久之後，住在下淡水的粵籍人士杜君英與他的兒子杜會三，糾集1000多人，打出「清天奪國」的旗號，準備趁機掠奪臺灣縣的倉庫，並派人與朱一貴商談合作事宜。4月29日，朱一貴與杜君英聯手攻擊周應龍部隊，官兵大敗，千總陳元戰死，周應龍逃回府城，朱一貴率領人馬一路追殺，杜君英則轉攻鳳山縣治。清軍大敗的消息傳回府城，文武官員相當驚慌，紛紛攜家帶眷，漏夜搭船逃往澎湖。臺灣鎮總兵歐陽凱則調集水陸兵卒1500多人，扼守春牛埔(台南市大東門附近)，準備與朱一貴決一死戰。5月1日，雙方在春牛埔交鋒，戰事從清晨持續到中午，清軍把總楊泰陣前倒戈，歐陽凱被刺落馬，清軍大敗，死傷慘重。臺灣知府王珍早在戰事開啟前就偷偷逃往澎湖，周應龍則是戰到一半就登上戰船直接逃回大陸，經過這一戰之後，朱一貴的人馬迅速累積到30萬以上，而當時臺灣的人口還不到100萬。清廷的文武官員逃走之後，朱一貴大軍開進府城駐紮，並頒佈「安民令」，嚴禁部屬稍殺擄掠，隨後又將庫銀、倉穀發給部將及窮苦的百姓，不但深得民心，也免除府城陷於混亂的危機。5月4日，朱一貴在眾人的簇擁之下舉行登基大典，稱中興王，國號大明，年號永和，還大封群臣，朱一貴的王朝在倉促中登場。由於開國來的太突然，根本就沒有時間準備，群臣只好向戲班借戲服替代，怎料到因為官員太多了，戲服有限，借光了各地戲班的戲服，衣冠還是湊不齊全，使得朱一貴的登基大典，出現了「頭戴明朝帽，身穿清朝衣」的滑稽畫面。臺灣淪陷的消息直到5月6日才由周應龍等人傳回廈門，閩浙總督覺羅滿保火速呈報北京，並且親自坐鎮廈門指揮調度，命令福建巡撫呂猶龍籌措糧餉軍需，福建水師提督施世驃和廣東南澳鎮總兵藍廷珍負責實際軍事行動，集結福建、浙江、廣東三省兵力進行會剿。正當清軍攻台的行動緊鑼密鼓進行的時候，朱一貴王朝發生嚴重的內亂，因為杜君英進入府城之後，自認為是開國元勳，隨意搶奪民女，朱一貴知道之後大為震怒，派人前去責問，杜君英惱羞成怒羈押朱一貴的使者，雙方因此爆發衝突，一發不可收拾，以朱一貴為主的閩人和以杜君英為主的粵人兩集團決裂，繼而發生血腥的大殘殺，內訌讓朱一貴集團元氣大傷，更給清軍可趁之機。6月13日，施世驃派遣林亮、董方兩人為開路先鋒，駕小船至鹿耳門清港插標，記明航路。6月16日黎明，清兵大舉壓境，600艘戰船直攻鹿耳門。朱一貴派遣蘇天威守護鹿耳門砲台，沒多久便敗下陣，蘇天威棄守鹿耳門，轉向安平城。清軍趁著漲潮之際將戰船駛入安平港，兩軍在安平城下展開殊死戰，朱一貴軍隊敗逃，安平城落入清軍手中。這個時候，下淡水的客家莊又再度豎起「大清義民」的旗幟，襲殺閩人，朱一貴的處境更加艱難。藍廷珍兵分八路對朱一貴陣營展開包圍，6月23日清軍收復府城，之後趁勝追擊，朱一貴的將領大多被殺，投降及散去的士兵也佔了十之八九，最後在清軍緊追不捨下，朱一貴於溝仔尾莊兵敗被擄，被捆在牛車上押解至府城，被處判凌遲致死。朱一貴從興兵起事到領有全台，只有短短十幾天，由於新王朝內訌、閩粵自相殘殺，使得他的政權曇花一現。