約於1200年，巴黎大學的部分日耳曼籍學生搗毀附近的酒店，引發學生與市民暴動。大學的「師生基爾特」乃向國王腓力二世 (Philip II 1180?1223)請求處理，結果腓力二世下令將巴黎警長革職，重罰暴動者，將教會神職人特享的「豁免權」賜予「師生基爾特」。自此，巴黎大學脫離地方政府的管轄，學術自由獲得初步的勝利。為了進一步擺脫地方教會的約束，「師生基爾特」向羅馬教廷請願。1215年，教宗英諾森三世 (Innocent III)同意該協會直屬於羅馬教廷，並頒予「特許狀」。1231年，教宗格列格里九世 (Gregory IX)頒布「知識之源」 (Parens Scientiarum)諭旨，規定「師生基爾特」對於組織、課程、教學、考試、學費、服裝、學位授與等事宜全權處理，學術自由獲得最後的勝利。這是一個脫離宗教掌控與地區的壟斷的過程，大學成為在城市中具有舉足輕重的地位，就像雅克?勒戈夫(Jacques Le Goff)記載13世紀末的道明會修士所說：「巴黎城就像雅典，分成三部分：第一，商人、手工業者和普通百姓，名為大城；第二，宮廷周圍的貴族和大教堂，名為舊城；第三，大學生和教員，名為大學。」 然而到了14和15世紀，大學越來越重視自己的社會作用，為國家培養優秀才人，如法學家、醫學家，也為宮廷培養人才，因為宮廷保障了個別脫離教學的學者。