12世紀中期開始，布蘭登堡成為神聖羅馬帝國的選侯之一。1512年，布蘭登堡霍亨索倫家族的阿爾布萊希特（Albrecht）被推選為條頓騎士團總團長，他同時也是布蘭登堡選侯的近親。當影響歐洲的宗教改革浪潮高漲時，在馬丁．路德的影響下，1525年宣佈改宗路德教派，因此切斷了與條頓騎士團與其名義上的宗主羅馬教廷的聯繫，隨後宣佈解散條頓騎士團，成立普魯士公國 (Duchy of Prussia) ，自任普魯士公爵，成為臣服於波蘭最高權力之下的世俗君主。1618年普魯士公國絕嗣，由其長女之夫、布蘭登堡選帝侯國的約翰?西吉斯蒙德（John Sigismund）（屬霍亨索倫家族）繼承，建立了布蘭登堡-普魯士公國。在1660年瑞典波蘭的戰爭中，布蘭登堡脫離了與波蘭的附庸關係。三十年戰爭之後，布蘭登堡經營一支小型的軍隊。1655年第一次大北方戰爭爆發，布蘭登堡一開始和瑞典結盟擊敗波蘭，從此布蘭登堡擁有東普魯士的完全主權，不用再向波蘭國王稱臣。