在1789這一年，被視為舊制度毀滅者的「法國大革命」爆發後，不僅打亂了歐陸各國在政治上的佈局，同時也破壞天主教會的勢力。1793年11月10日，巴黎聖母院正頒佈人類歷史上第一個對「理性」的紀念日，正式宣告人類社會由宗教崇拜邁向理性崇拜。這場大革命，使天主教會失去了大批土地、財產與信徒。在拿破崙的統馭下，教宗與教士成了塵世帝王的臣子。其他各國受到自法國而來的革命風潮吹動，紛紛剷除境內各項宗教特權，打擊教會勢力。儘管1814年拿破崙的退位，掀起舊制度的復辟，但已被俗世君王收取的神權終究無法恢復。19世紀中葉，歐洲各國著手整頓自黑死病、宗教戰爭、百年戰爭以及拿破崙征戰以來，混亂的政治情事，也終止了以異端為名的種種起訴。迫於形勢，態度一向保守的羅馬教廷，在1816年禁止宗教裁判所對犯人動用嚴刑峻法，更在1835年取消各地宗教裁判所，讓訴訟回歸到世俗法庭上，結束了教會近千年的言論壟斷與統治特權。1870年普法戰爭中，義大利趁勢高舉重建民族國家的旗幟，進佔了梵蒂岡這座永恆的「上帝之城」，神聖的宗教王國從此退居政治幕後，守護榮耀上帝的光環，而所有獵巫事件引發的災難、仇恨與屠殺，也都在這場戰役中，一併地塵封在歷史長河裡。