清代中期，由於經費拮据，漕運弊端叢生，復行海運的呼聲才又日趨高漲。道光五年(1825)於上海設海運總局，天津設收兌局，並特調琦善等總辦首次海運。次年正月，將蘇州、松江、常州、鎮江與太倉四府一州漕糧共一百六十三萬三千餘石，分二批載運北上。漕船從黃浦江出發，經吳淞口東向大洋，行四千餘里達天津收兌局驗米交收。清廷特准商船載運免稅貨物二成往來貿易，調動了商船積極性。海運糧佔全部漕糧總數之半，節銀米各十萬。道光以來河漕在十二三萬石之間，海運糧則達一百二十萬石左右，使得運河作為朝廷運糧的功能大為下降。十九世紀六十年代兩次英法聯軍之後，在外國航運勢力可以來往南北洋與長河流域的衝擊下，一向運輸漕糧和南北物資的舊式航運業遭到嚴重破壞。1872年，北洋大臣李鴻章找了辦理海運多年的朱其昂，商議試辦新式航業，並於1873年1月在上海成立「輪船招商局」，規定官督商辦，借官款制錢20萬串，並招商集股。輪船招商局總局設在上海，同時在國內各大港口和日本的長崎、橫濱、神戶，以及新加坡等處設立分局，實際上只經營南北洋航線和長江航線，國外航線則因外國勢力阻撓，未有開展。1877年以銀 220萬兩購買美商旗昌輪船公司全部舊輪船和其他設備，有輪船25艘，2.7萬噸，頗有盈利。1881年招足第一期股本100萬兩，1883年續招股本100萬兩。時值中法戰爭，該局主持人辦理失當，李鴻章派盛宣懷接辦。1897年以歷年盈餘轉作資本，增資為400萬兩。此後盈利漸減，間有虧損。1909年改為商辦，成立董事會。至1911年有輪船29艘，4.9萬噸。