劉秀建立東漢，多依靠士族之力。因此東漢對於西漢以來士族所產生的政治經濟社會問題，也缺法徹底解決的能力。士族透過培育子弟讀書，可以入仕為官，形成累世官宦的門閥之家。東漢時期，選舉官吏的察舉制度已經以門閥為重，非門閥士族出身者，難以在政府中擔任重要職位。這種情形，使得士族與平民之間的界線越來越深。而東漢時期士族為了證明自己出身門閥，也特別重視家族族譜，譜牒之學在東漢大為興盛，與門閥的興起有著密切的關係。東漢的門閥士族之間，經常互相標榜，例如東漢桓帝時的儒林領袖李膺、陳蕃、王暢等人，有「天下楷模李元禮，不畏強禦陳仲舉，天下俊秀王茂叔」之譽。而郡國歲舉孝廉各一人的察舉制度，與地方官自辟僚佐的制度，也使得地方官與被辟舉者產生了密切的聯繫，這種聯繫產生了「二重君主」的觀念，被辟舉者將地方官視為主君，在傳統君臣關係之下又有「座主、門生」的關係，儼然另類的君臣關係。這種關係也使得士族之間的關係更為密切。經濟方面，門閥世族依然如西漢時期一般，依靠著官僚、地主、士族三位一體所擁有的政治經濟特權，大量兼併土地。使得社會上富者愈富、貧者愈貧的問題更為嚴重，而東漢的中央政府多為幼主當政，朝廷之內經常陷入外戚與宦官的爭鬥當中，對於這些社會問題無力解決。於是，東漢末年爆發了大規模的民變－－「黃巾之亂」。東漢政權也因此走向崩潰，進入了群雄並起、軍閥割據的時代。