馬關條約的內容共計十一款：第一款 中國認明朝鮮國確為完全無缺之獨立自主國，故凡有虧損其獨立自主體制，即如該國向中國所修貢獻典禮等，嗣後全行廢絕。第二款 中國將管理下開地方之權，並將該地方所有堡壘軍器工廠及一切屬公對象，永遠讓與日本。一、下開劃界以內之奉天省南邊地方以鴨綠江溯該江以抵安平河口，又以該河口劃至鳳凰城、海城、及營口而止，劃成折線以南地方。所有前開各 城市，皆包括在劃界線內。該線抵營口之遼河後，及順流至海口止，彼此以河中心為界。遼東灣南岸及黃海北岸，在奉天所屬諸島亦一併在所讓界內。二、台灣全島及所有附屬各島嶼。三、澎湖列島，即英國格林尼次東經百十九度起至百二十度止，及北緯三十三度起至二十四度之間諸島嶼。第三款 前款所載及黏附本國之地圖所劃疆界，俟本約批准互換之後，兩國應各 選派官員二名以上，為公同劃定疆界委員，就地踏勘，確定劃界。若遇本國 所約疆界於地形或地理所關有礙難不便等情，各該委員等當妥為參酌更改。各該委員等當從速辦理界務，以期奉委之後限一年竣事，但遇各該委員等有所更定劃界，兩國政府未經認準以前，應據本約所定劃界為正。第四款 中國約將庫平銀二萬萬兩交與日本，作為賠償軍費。該款分作八次交完。 第一次五千萬兩，應在本約批准互換六個月內交清。第二次五千萬兩，應在本約批准互換後十二個月內交清。餘款平分六次，遞年交納，其法列下：第一次平分遞年之款，於兩年內交清。第二次於三年內交清，第三次於四年內交清，第四次於五年內交清，第五次於六年內交清，第六次於七年內交清。其年分均以本約批准互換之後起算。又第一次賠款交清後，未經交完之款，應按年加每百抽五之息，但無論何時應賠之款或全數或幾分，先期交清，均聽中國之便。如從條約批准互換之日起三年之內能全數還清，除將已付息金或兩年半或不及兩年半於應付本銀扣還外，餘仍全數免息。第五款 本約批准互換之後，限兩年之內，日本准中國讓與地方人民願遷居讓與地方之外者，任便變賣所有產業退去界外，但限滿之後尚未遷徙者，酌宜視為日本臣民。又台灣一省應於本約批准互換後，兩國立即各派大臣至台灣，限於本約批准後兩個月交接清楚。第六款 中日兩國所有約章，因此次失和，自屬廢絕。中國約俟本約批准之後速派全權大臣與日本所派全權大臣，會同訂立通商行船條約，及陸路通商章程；兩國新訂約章，應以中國與泰西交國見行約章為本。又本國批准互換之日起，新訂約章未經實行之前，所有日本官吏臣民及商業工藝行船船隻陸路通商等，與中國最為優待之國禮護視，一律無異。中國約將下開讓與各款，以兩國全權大臣約定日起，六個月後方可照辦：第一、見今中國已開通商口岸之外，應准添設下開各處立為通商口岸，以便日本臣民往來僑寓，從事商業、工藝製作；所有添設口岸，均照向開通商海口或向開內地鎮市章程一體辦理，應得優例及利益等，亦當一律享受：（一）湖北省荊州府沙市；（二）四川省重慶府；（三）江蘇省蘇州府；（四）浙江省杭州府。日本政府得派遣領事官於前開各口駐紮。第二、日本輪船得駛入下開各口， 附搭行客裝運貨物：（一）從湖北省宜昌溯長江以至四川省重慶府；（二）從上海駛進吳淞江及運河以至蘇州府杭州府。中日兩國未經商定行船章程以前，上開各口行船務依外國船隻駛入中國內地水路見行章程照行。第三、日本臣民在中國內地購買工貨件，若自生之物，或將進口商貨運往內地之物，欲暫行存棧，除毋庸輸納稅鈔派徵一切旅費外，得暫租棧房存貨。第四、日本臣民得在中國通商口岸城邑任便從事各項工藝製造， 又得將各項機器任便裝運進口，只交所定進口稅。日本臣民在中國製造一切貨物，其於內地運送稅、內地稅、鈔課、雜派以及中國內地沾及寄存棧房之益，即照日本臣民運入中國之貨物一體辦理，自應享優例豁除亦莫不相同。嗣後如有因以上加讓之事應增章程規條，即載入本款所稱之行船通商條約內。第七款 日本軍隊現駐中國境內者，應於本約批准互換之後三個月內撤回，但須照次款所定辦理。第八款 中國保明認真實行約內所訂各款，聽允日本軍隊暫行佔守山東省威海衛；又於中國將本約所定第一、第二兩次賠款交清，通商行船亦經批准互換之後，中國政府與日本政府確定週全妥善辦法，將通商口岸關稅作為剩款並息之抵押，日本可允撤回軍隊。倘中國不即確定抵押辦法則未經交清末次賠款之前，日本仍不撤回軍隊。第九款 本約批准互換之後，兩國應將是時所有俘虜盡數交還。中國約將由日本遣還俘虜，並不加以虐待或置於罪戾。中國約將認為軍事間諜或被嫌逮係之日本臣民，即行釋放，並約此次交仗之所有關涉日本軍隊之中國臣民，概予寬貸，並飭有司不得擅為逮繫。第十款 本約批准互換日起，應按兵息戰。第十一款 自本約奉大清國大皇帝陛下及日本帝國大皇帝陛下批准之後，定於光緒二十一年四月十四日，即日本明治二十八年五月初八日，在煙台互換。為此兩國全權大臣署名，以昭信守。簡言之，其主要內容：一為清廷承認朝鮮國，確為完全獨立之自主國。二為割讓奉天南部、台灣全島及所有附屬各島嶼及澎湖列島。三為賠款二萬萬兩。四為限兩年內，割地內人民任便遷居，限滿不遷，視為日本臣民。五為開沙市、重慶、蘇州、杭州為通商口岸。六為日本臣民得在中國通商口岸城邑，任便從事各項工業製造。這樣的結果，對日本來說，可說是初步實現了自明治維新以來所定下大陸政策和南進政策。然而，甲午戰爭是因朝鮮問題而起，然條約中何以簽訂割讓兩千里外與此事不相關的台灣。日本前文部大臣井上毅向內閣總理大臣伊藤博文提出的意見最具代表性：世人皆知朝鮮主權之必爭，而不知台灣佔領之最可爭。何哉？彼朝鮮竟無獨立之力，也必倚于一大國之保護，或數大國聯合之保護；而為之保護國者，有俠義之美名，而無富殖之實。然台灣則不然，佔有台灣者，可能扼黃海、朝鮮海、日本海之航權，而開闔東洋之門戶焉，況與沖繩及八重山群島相聯絡，一臂所伸，以制他人之出入乎？又若此一大島而落他人之手耶，我沖繩諸島易受鼾睡之妨。利害之相反，不啻霄壤。台灣也哉！台灣也哉！台灣而為戰獲物，以此結局，天下後世必不以此亦為不廉之捷矣。若失此機會，二、三年之後，台島必為他一大國之有矣，不然亦必為中立不可爭之地矣。不只如此，日本海軍更強調「台灣為台灣海峽之咽喉，非收入日本版圖不可；與其割讓遼東半島，寧以割台灣全島為佳。」由此可知，日本對台灣的看法與態度。雖然在馬關條約簽訂之後，清廷內部對於台灣割讓的問題，曾引發主戰派與主和派的競爭，然而清廷在缺乏外援且無力再戰的情況下，終究批准合約，將台灣割讓與日本。