明初河患仍頻，永樂年間京杭運河重開，維持運河通暢即成為明代治河措施中最重要的原則。此時期的治河方針，採行南分北堵之策。南分，就是使黃河分道南下，沿賈魯舊道、渦水及潁水等，循淮河入黃海，藉以分流洪水較不易潰堤。北堵，則是在黃河下游的北岸，修建堅固的長堤，防止黃河於北方決口，造成運河航道受損。但這個方法短期有利，長期卻有嚴重的問題，由於黃河河水含沙量高，分流容易使泥沙淤積速度加快，造成晚明更嚴重的洪水災害。明代後期，黃河下游決口、洪水頻繁，當時總理河道潘季馴等人提出以「束水攻沙」為核心的治河辦法，運用縷堤束水攻沙，以遙堤防禦洪水，再設置減水壩保護大堤，並改洪澤湖為水庫，調蓄淮河洪水，增加河水流速，藉以沖刷黃河泥沙，減少淤積的現象。此方法雖然效果不明顯，但變傳統治水為水沙兼治，具有劃時代的意義，為明清治河方法的主流。明清之際，河堤失修，洪水災害頻繁。從順治元年（1644 A.D.）到康熙十五年（1676 A.D.年），三十三年之間，竟有二十三年發生決口災害。為此，康熙十六年（1677 A.D.）時，任命靳輔為治河總督，主持治河工程，他採用幕僚陳潢的建議，繼承並發展明代潘季馴「束水攻沙」的辦法。靳輔在治水的過程中，不僅延續「束水攻沙」的方式，更以人力浚挖補強，他認為「新淤」比較疏鬆，可束水沖刷，而「舊淤」則非靠人力疏浚不可，故能獲得數十年的小康局面。乾隆以後，雖重視黃河防洪工程，但河政日漸腐敗，平均每兩年就發生一次決口，堵口工程費用常高達一千萬兩白銀，成為清政府嚴重的財務負擔。咸豐五年（1855A.D.）黃河改道入大清河，形成現在的河道。