儘管足利家在政治與經濟方面努力維持政權的存續，但是社會結構的變動仍然衝擊了足利幕府的統治。幕府在足利義滿時期實施軍事專制體制，強化了足利一家的政治實權，但是在本質上仍然是各守護大名的聯合政權，幕府將軍則是這一聯合政權的領袖。義滿之後，幕府將軍逐漸成為名義上的領袖。雖然足利一家沒有像鐮倉幕府一樣，大權旁落北條氏，三代即亡；但是由於關東管領的對抗，各守護大名之間的爭戰，使得足利幕府越來越不能控制地方。各國守護大名針對其領國的統治，也同樣不安定，他們所能直接支配的農民只有其原有領地，其他則委由各地的小名主，而這些小名主也逐漸侵蝕守護的支配權。就在幕府對守護支配動搖，守護對其領地支配動搖的社會背景下，應仁元年（1467）在京都爆發了武士集團的大會戰。應仁之戰爆發的直接原因，是因為將軍家的繼承問題發生爭執，當時武士集團分成兩個陣營，東軍以管領家細川勝元為首，挾天皇、將軍自重，擁兵十六萬；西軍則以當時四職的重鎮山名持豐與守護大名大內政弘為首，擁兵十一萬。在1467年到1477年這十年間，雙方在京都僵持不下；最後在勝元、持豐相繼病死，政弘返回自己的領國之後，雙方部隊才散。由於主戰場在京都，造成京都的殘破，公卿們被迫逃離京都，幕府權威完全掃地，諸國守護愈加獨立。從應仁之亂開始，有百年的時間群雄互相攻伐，擾攘不安，史家稱之為「戰國時代」。當時足利幕府仍在，但是已像天皇一樣，僅有政治號召的價值。像面對此一亂局的第八代將軍義政（1436?1490）即無意於政治，甚至在戰亂中，還於京都東山經營別墅「銀閣寺」。其後雖有將軍欲重整幕府威勢，但未成功。慈照寺，通稱為「銀閣寺」，位於日本京都府京都市左京區。寺院創立者為室町幕府第8代將軍足利義政，義政在寺內興建了觀音殿，被通稱為「銀閣」，因此，寺院全體被稱為「銀閣寺」，這一名稱與同在京都的「金閣寺」（正式名稱為鹿苑寺）相呼應。銀閣寺庭園冬天全景，是以錦鏡池為中心的池泉回游式庭園。在江戶時代，庭院被大規模改修，失去了原來的面貌。「銀沙灘」、「向月臺」等兩處沙礫造型，是在江戶時代後期成型的。1931年被發掘的枯山水庭園，位於東方山麓，據說保留了室町時代的風貌。銀閣寺牆垣－從慈照寺寺門到庭園的入口處道路兩邊，保存有圍牆遺跡，被稱為「銀閣寺垣」。