南北朝內亂可分為四個階段，亦可視為室町幕府創建的四個階段。第一階段是1336年到1347年。此階段的發展是1339年後醍醐天皇病逝，1340年南朝經營東國失敗，加上尊氏瓦解支持南朝的武士、寺院與神社，而造成南朝的軍事力量幾乎喪失，1347年足利軍攻入吉野，吉野行宮全毀。在北朝之中，足利氏也逐漸掌握實權，然而尊氏儘量與公卿寺院、神社勢力妥協，欲以和平方式奪得政權，故有財勢的寺院、神社之莊園領主的力量得以維持，但卻成為武士彼此對立的原因。第二個階段是到1358年尊氏去世為止。此時期的特徵是武士之間的內鬨，由於對於欲建立獨立領主制的小領主階級（為逃避原先莊園領主的各種負擔）的態度不同，使得足利尊氏（主張加強守護之權）與其弟足利直義（主張妥協）對立，導致尊氏為討伐直義而降於南朝。結果是1352年直義敗死於鐮倉，而武士內部的傾軋，使得南朝得以苟延殘喘下去。第三個階段是到足利義滿於1368年就任第三任將軍為止。這段時期的發展是地方的守護與「國人」（國衙領土內的居民）階層，各自發展其實力，逐漸成為雄據一方的勢力，使得日本成為「守護領國」的情況。第四個階段是足利義滿就任將軍後，確立採取軍事專制體制的時期。在守護領國的秩序下，國內逐漸分成幾個大的勢力而較為安定。1391年，足利義滿在打倒割據一方的大守護山名氏之後，得以鞏固幕府的專制權；並以此為基礎，於1392年時逼南朝的後龜山天皇讓位，使得義滿所擁立的北朝後小松天皇成為名義上的共主（自是而後，其子孫世代為天皇，直至於今），也終止了長達57年的南北朝時期。1378年時，足利義滿在京都的室町營建了一所壯麗豪華，頗有公家風味的宅邸－「花之御所」，所以歷史上稱足利家所創建的幕府為「室町幕府」。另外，1394年足利義滿利用位於河內國的領地交換獲得「北山第」山莊，並開始大興土木整理改建。隔年他卸下征夷大將軍職位，讓給其子足利義持，並出家入道，只保留太政大臣的頭銜督政，1397年他將北山第改名為「北山殿」，作為自己修禪的場所。由於義滿將北山殿中舍利殿修築得金碧輝煌，當時的人就稱之為「金閣殿」。義滿死後，其子遵照他的遺願，將北山殿由宅邸用途改為禪寺，並以義滿的法號命名為「鹿苑寺」，就是現在眾所周知的「金閣寺」。金閣寺，正式名稱其實是鹿苑寺，最早完成於1397年（應永四年），是知名的觀光旅遊景點之外，也被日本政府指定為國寶，並於1994年被聯合國教科文組織指定為世界文化遺產。金閣寺的主要建築「舍利殿」，在昭和25年（1950年）時，舍利殿因為一名21歲的見習僧人林承賢放火自焚而完全燒毀，連放在殿中供奉的國寶、足利義滿像也一同化為灰燼。金閣寺近景。金閣寺（舍利殿）是一座緊鄰鏡湖池畔的三層樓閣狀建築，一樓是延續了當初藤原時代樣貌的「法水院」（屬寢殿造風格，也就是平安時代的貴族建築風），二樓是鐮倉時期的「潮音洞」（一種武家造，意指武士建築風格），三樓則為中國（唐朝）風格的「究竟頂」（屬禪宗佛殿建築）。寺頂有寶塔狀的結構，頂端有隻象徵吉祥的金鳳凰裝飾。金閣寺冬天的景色。今日我們所看到的舍利殿，是昭和30年（1955年）時依照原樣重新修復建造的，昭和62年（1987年）全殿外壁的金箔裝飾皆全面換新，成為目前的狀態。