義和團(原名義和拳)，是民間練拳風氣加上鄉團和秘密宗教的組織。興起於1887年(光緒13年)山東冠縣教案，因教民拆毀玉皇廟改建教堂，發生群眾襲擊教士、教民事件。此後在官方的縱容之下，勢力日大。1897年(光緒23年)，山東民眾攻擊德國教堂，德國趁機進占膠洲灣，築路開礦，山東仇外情緒高漲。1899年(光緒25年)，毓賢繼任山東巡撫，篤信義和團神力，可抵禦洋人，故義和團氣焰愈高，到處焚毀教堂、殺教民，致愈演愈烈。經外國公使一再抗議，清廷改派袁世凱前往鎮壓，義和團無法在山東立足，乃向天津、北京進發。1900年義和團在慈禧太后的縱容下，圍攻使館、殺教士，遂有八國聯軍之役，北京淪陷。最後清廷求和，簽訂「辛丑條約」，才告落幕。這一次事變中，義和團民焚毀教堂，屠殺教民，使得京師大亂。京城內外所燒毀的西人住宅共計有三十四所，教堂十八所，男學堂十二所，女學堂十一所，傳道學堂四所，施藥局十二所，醫院八所，印刷處三所，盲人學堂一所。基督教遭受前所未有的打擊，也使他們反思在中國傳教的經驗教訓，開始注意約束教士、教民，盡可能的尊重中國的風俗禮儀。事後，洋教處境大為改善，一方面清廷態度丕便。由仇外改為「量中華之物力，結與國之歡心」，宣佈實行新政。另一方面，中國人對傳統迷信、巫術已無信心，對於教會在中國的教育、醫療等事業也有好感。此外，在庚子新政時期，報刊的宣傳使得中國民眾對基督教有更多的了解，也多少幫助清廷調整對教會的政策。