隨著天主教各教會進入中國，各教會或教會內部對中國儒家文化的認識漸漸出現了分歧。其中最引起爭論的，就是中國的祭祖與祭孔活動，究竟是屬於宗教性質，抑或只是中國的禮俗。假使祭祖祭孔的活動是屬於宗教性質，那就違背基督教不崇拜偶像的教義。1628年(崇禎元年)，耶穌會為了解決歧見，便在中國召開會議，達成共識：不把中國的祭祖祭孔活動，當作是偶像崇拜。較晚到中國傳教的方濟會與道明會，對耶穌會在中國傳教的成功既羨慕又嫉妒，加上不贊成耶穌會在中國的傳教方式，因此將對中國的禮儀之爭再度點燃，也使得羅馬教皇對此問題逐漸重視。耶穌會士擔心爭論的結果會影響在中國的傳教，也派員回羅馬為在中國的傳教方式辯護與解釋。最後羅馬教皇於1704年頒佈禁令，嚴禁入教的基督教徒行中國禮儀。教皇頒佈禁令後，派遣使團到中國面見康熙皇帝。康熙皇帝對此禁令極為憤怒，下令只有經過朝廷批准的教士才可在華傳教。多數的教士意識到此舉將會嚴重影響天主教在中國的傳播情形。因此1719年(康熙58年)教宗再度派人來華交涉，希望中國能允許傳教士繼續在華傳教。不過這次的交涉並未成功，傳教士所提出的條件反而惹惱了康熙皇帝，康熙皇帝決定禁止天主教在中國傳教。