良方濟神父於1864年來台，1869年接任萬金本堂。當時他向村民買下一大片樹林地（即今教堂用地），十二月中著手重建一座堅固的大教堂。教堂外貌彷照西班牙式的古堡。內外設施、圖案是委由專人設計的。良神父派傳道員阿成哥為工程監工，聖堂寬45尺，縱深116尺，牆壁高25尺。作為樑木的福杉皆購自福州，釘成木筏，隨潮流以小汽船拖至東港，再以車運回，泥水匠及木工聘自福州和廈門。並動員教友們義務興建，為時一年，於1870年竣工落成。教堂恭奉無染原罪始胎的聖母，該聖母像高6尺，是在西班牙打造，而從菲律賓經由海運而來。1871年良神父復聘福州雕刻師二人，雕刻一座全台獨一無二，精巧美觀的聖母轎，至今已成萬金教堂的鎮堂之寶。1871年復活節後，增建神父事務廳及住宅，以及男女道理廳（磚造）各一座，可容80人。至此，萬金堂區規模完成，是年教友總數已達1300人。1872年，良方濟神父目睹村內教友雖早已漢化，但他們本性純直，不善理財。鄰近客家族群常以各種手段侵奪平埔教友的田地，許多平埔教友成為佃農，生活困苦。良神父發現這個問題，即以二千圓巨資，在萬金村以教堂為中心，買下四周的土地，安置沒有田地建屋的教友共120戶，以廉價的租金供他們居住，一則安頓他們的生活，二則形成聚居的村落，又靠近教堂，容易進堂敬拜天主。此區因而成為同一信仰的「教友村」，對萬金村民幫助甚大。 1886~1893年良方濟神父任職於前金玫瑰教堂，1894年逝世。