為改善大學教學研究環境，教育部曾主導訂定「獎勵大學學術研究風氣方案」、「獎勵私立大專院校改善師資方案」、「加強支援大專院校教師教學研究資訊服務計畫」及「「推動科際整合教學計畫」等。積極引薦具有成就的海內外學術人才至各大學任教，並敦聘國外學術權威專家學者，利用暑期或短期時間來臺進行講學。此外，也鼓勵成立各大學聯合出版機構，以協助大學教師學術著作的出版。資助大學教師出國進修或參加國際學術活動。推動系所整合、設備整合、建立研究群、學程設立及領域交流等科際整合教學要項等。為提昇大學競爭力，協助國內大學與國外學術機構建立實質的合作關係，提昇我國整體學術研究水準與教育品質，營造有利於大學發展的國際交流與合作環境，教育部於2002年度起推動「提昇大學國際競爭力計畫」。推動重點包括：推動研究型大學整合計畫所辦理之國際學術交流活動；加強學習環境國際化，鼓勵各校規劃以英語授課之教學學程與建設良好的配套環境；鼓勵大學參加國際評鑑，提高教學、研究及辦學成效達國際水準；鼓勵大學與國外大學聯合開設學程或建立雙聯學制，建立認可兩校課程與學位之機制；強化各校網路環境建置，善用網際網路工具進行學術交流，以提高國際學術競爭力。為使高等教育邁向卓越發展，教育部於2002年委請臺北市立師範學院辦理「大學校院自我評鑑理論與實務研討會」，並鼓勵各校建立自我評鑑制度，編列預算補助各校辦理自我評鑑，協助各校了解自我評鑑之理論內涵及具體作法。2003年9月臺北市立教育大學完成「規劃成立辦理大學評鑑事務之財團法人專責單位」委託研究計畫成果報告，並檢送至全國大專校院進行參閱。2005年5月函請全國大專校院共同捐助成立「財團法人高等教育評鑑中心基金會」，使其負責「大學法」中第五條所定：「大學應定期對教學、研究、服務、輔導、校務行政及學生參與等事項進行自我評鑑。教育部為促進各大學之發展，應組成評鑑委員會或委託學術團體或專業機構，定期辦理評鑑，並公布其結果，做為政府教育經費補助及學校調整發展規模之參考」等相關事務，由其主導協助教育部來辦理大學評鑑的事宜。最終目的是希望高等教育機構在「質」「量」的管控、獎補助的分配及退場機制的配套建立方面，能有一專業、客觀之評鑑結果依據。教育部為使高等教育有其競爭力，一方面推動研究型大學整合計畫，規劃研究型大學校內及校際整合的各項方式。初期輔導國內研究型大學以三主軸發展，北部以台灣大學為核心，中部以清華、交通大學為主，南部以成功大學為主，並鼓勵其與中山大學等進行整合。同意清華、交大、中央、陽明大學共同組成「臺灣聯合大學系統」，提出詳細計畫作為先導計畫（Pilot Project）進行試辦，並以清華、交通大學為主，中央、陽明為輔，發展研究型大學系統。另方面積極鼓勵大學整併，自從六○年代以來，為因應高等教育數量的急速擴張及質量的多元化發展，大學的整併工作成為各國重組高等教育結構的重要措施。整併後的大學校院能互補所長，強化競爭力、創新大學經營策略並提昇教學研究品質、運用整併爭取更多教育資源，促進大學發展、促成大學校院間之教育夥伴關係，強化合作交流、增進國家整體高等教育資源之整合與運用。校際整合原係大學自主規劃辦理的事項，其中策略聯盟有臺灣大學與臺北師範學院研提「互為協力機構策略聯盟構想書」；學校合併上，則有嘉義師院與嘉義技術學院整併成為嘉義大學，花蓮教育大學併入東華大學。