邦聯政府最重要的機構即是邦聯國會。國會擁有宣戰、媾和、締約的權力，還有徵兵、鑄造貨幣、確定度量衡、管理印第安事務以及設立郵政的權力。其他未列舉的權力則隸屬於各州。邦聯政府缺乏最高行政機構，也無邦聯法庭解釋法律。國會可通過法律條文，但無權強迫各州批准。國會不能徵稅，也不能管理州際及對外貿易，或控制全國貨幣，國會只能請求各州自願捐獻稅金。對於重要議案，至少需有三分之二的州同意，才能通過。至於邦聯條款的修正案，則需要十三州的議會一致同意。各州同意，相信彼此的公共政策，如法律等，並同意遣返罪犯及逃亡奴隸。人民可自由越界來往，不需要護照，有遷徙自由，各州爭端透過仲裁解決。依據邦聯條款成立的邦聯政府，實際上是各州的友誼聯盟，各州都有主權，也是獨立的政治實體。依據邦聯條款成立邦聯國會(Congress of the United States)作為邦聯政府的立法機構。各州在國會中至少有二名代表，但僅有一票表決權，且必須有七州代表參加才能開會。邦聯國會設立五個部門分別處理外交、財政、陸軍、海軍及郵政事務。由於邦聯政府沒有負責行政的機構，因此國會領袖被稱為「國會集會時的美國總統」(President of the United States in Congress Assembled)。自1774年第一次大陸會議至1789年邦聯政府結束，共有14人擁有這份頭銜。