清廷入關後，明朝的遺民志士繼續抵抗，為隔絕沿海人民和反清勢力的聯結，尤其是長年對峙的鄭氏政權，清廷頒行「遷海令」，在嚴禁一切商舶漁船入海下，扼殺航海的力道實遠大於明朝。1683年攻台後，海禁解除，雖未限定商船出口數，卻仍沿襲明代的行保制度，對於船隻大小和性能的管制也依舊，如出洋船的載重不得超過五百石，商船限用雙桅，樑頭不得超過一丈八尺。1747年，福建「仔頭」船被「永行禁止」，竟因其「桅高蓬大，利於走風」。而海防格局亦趨保守，多次下令將戰船「一律改小」，只求快速緝查走私貿易，需求日微，自然加速造船業的衰落。施琅攻台後，有些往日追隨鄭氏者逃往呂宋等地，清政府於是將這些地區視作「海賊之藪」。1717年，康熙皇帝聽聞有人販賣船隻和米糧到海外，而且台灣人與呂宋人往來，深恐亂事再起，因此決定禁海。雖然，最後在廣東官僚的抗疏辯解下，將範圍侷限於南洋；至1727年，雍正接受閩浙總督的建議，取消該禁令，但已造成閩、廣船家生計的困頓，對於中國遠洋航運更是重大打擊。據統計，從明萬曆到清嘉慶 (1579?1820)的 223年間，中國駛往東南亞的遠航帆船數只增長了一倍多。同時期，清廷不但准許外國商船照舊貿易，而且在中國帆船停航南洋下，外船勢力大舉擴張。雍正三年以後，樑頭寬度過大的「違例」船隻，被懲處需協助「台運」──加倍配運台灣的兵米、眷穀到?門。雖然商船實際騰挪的空間並不大，但一旦失事，調查不但曠日持久，甚至必須負責賠償。此外，商船運貨每石運費三至六錢，配運官穀只有六分六釐，損及部分營收。最嚴重的則是因為懼怕海氣蒸變，船戶常變通以易銀或買穀交付，但卻成了官吏挾持為利的陋規。因此商船大多設法規避，以致囤積待運的米糧日多，於是嘉慶十六年改以「大運」(「專運」)代替，揀選兩千石以上的大船為運輸工具，許多船戶為避責，自動設限於兩千石之下，並改作漁船。依《廈門志》所載，洋行每年光是公開給付政府的獻金和陋費就相當繁重，不難想像還有許多私下額外的勒索，這些亦透過洋行轉嫁到航運業者身上。商人為逃避苛捐敲詐，則另闢管道載運或倚匿商行。此外，曾任台灣道的姚瑩指出，械?的耗損也影響到漳、泉人民的造船能力；官方與海盜的長期戰?阻礙海上貿易的進行，個別商人資金有限，船舶失事後就無再造能力，這些都是不利造船業的阻力。加上列強將南洋各島佔為殖民地後，中國商船受到排擠，而日本實施鎖國，「清舶」（以中國帆船為主）的數量從1685年70艘減為1790年的10艘，中國遠洋航運更趨沒落。