1619年，荷蘭東印度公司（Dutch East India Company）征服了 爪哇島(Java)上的查雅加達（Jayakarta，勝利之城），並重命名為巴達維亞（Batavia），作為其亞洲總部。雖然爪哇上仍有土著國王，但荷蘭東印度公司透過經濟控制及武力，建立在島上的權威。在18世紀中，公司直接治理安汶、安達群島等少數地區，其他則透過和土著國王合作還獲得經濟利益。因為拿破崙戰爭，1795年尼德蘭成立巴達維亞共和國，其後被法國所掌控，為了擺脫法國荷蘭國王威廉五世逃至英國，並發表聲明要求殖民地官員向英國投降，然爪哇拒絕，1799年東印度公司解散後殖民地被荷蘭政府接管(1800年)。1806年拿破崙派其弟路易士拿破崙任荷蘭國王，1808年荷蘭派新任總督赫曼?丹德爾( Herman Willem Daendels 1762-1818)至爪哇，1811年英國佔領爪哇，爪哇迎來新任英國總督湯瑪斯?萊福士(Sir Thomas Stamford Bingley Raffles)。丹德爾、萊福士在此地進行一連串的改革，卻使土著國王的權力被拔除，而成為帝國下的薪水官員。1816年荷蘭重回東印度群島，為了恢復母國經濟，必須要從殖民地獲得利潤。但一連串的措施引起爪哇人的不滿，引起了爪哇戰爭(1825~1830 Java War 又稱狄波內哥羅戰爭Diponegoro War)，因此喪生約20萬爪哇人，戰爭也為荷蘭帶來嚴重的財政負擔，為了解決危機，荷蘭實行耕種制度，當地的原住民攝政、部屬、參與的華人以及荷蘭都因此而獲利，但無數的農民卻陷入悲慘的處境。1870年廢除種職制度，開放私人企業開發，進入自由主義時期，此時主要集中開發爪哇，然原住民的地位仍舊沒有改善。1840 年起，英國取得砂拉越，荷蘭擔心英國再度干涉東印度群島，故對東印度群島進行全面占領，1872年向亞齊發動戰爭，直至1904年才佔領亞齊，並再度佔領爪哇以外的島嶼，20 世紀20年代，荷蘭全面占領東印度群島。1905年進入人道主義時期(福利政策時期)，改善經濟與社會，制定最低薪資與最高工時，並設立教育機構，間接增加民族意識。