經過編遣會議之後，蔣介石與馮玉祥的的關係已到不易維持的地步。蔣與新桂系即將決裂之時，雙方均希望爭取馮的支持。但是蔣與馮卻因為日本在濟南事件後的山東接收問題，進而關係十分緊張，即因蔣介石不允許馮系的山東主席孫良誠接收山東。此時，馮畏懼閻錫山助蔣，恐陷於夾擊，故將軍隊集中於河南，此時中央軍也向山東、河南移動。國民黨在第三次代表大會後，汪精衛的改組派以「護黨救國」為反蔣口號。1929年5月，李宗仁開始在廣西自稱護黨討賊南路總司令。15日，馮部將宋哲元等推馮為護黨救國西北軍總司令，詆毀第三次全國代表大會及中央外交用人不當，同時亦責中央違背編遣會議，要求蔣一同去國。20日，蔣列舉馮的罪行，馮責斥蔣破壞黨章，南京政府不能代表全國。但此時出乎馮意料之外的，他的韓復?等人竟然倒戈，歸順中央，於是馮的武力瓦解，討蔣已成為不可能之事。同時失去部眾的馮玉祥，又為閻錫山所挾，用以操控馮部不為蔣所得。另一方面，第四師師長張發奎與新任廣西省主席俞作柏為助蔣討發桂系有功人物。張發奎原與汪精衛相近，而俞作柏則與改組派交往甚密，兩人均參加了護黨運動。1929年9月18日，張通電主張重開第三次全國代表大會，率部自湖北宜昌南去。27日，俞作柏獨立，稱護黨救國軍第一方面軍總司令。汪精衛正式宣佈討蔣，主由國民黨第二屆中央執行委員會行使職權，不承認本年二月後南京的一切命令及決議案。而後俞作柏失敗，廣西復為李宗仁、白崇禧等人所得，並聯合張發奎共圖廣東。退集陝西的馮玉祥軍由宋哲元、孫良誠統率，仍有二十餘萬人，惟缺乏糧草補給，經蔣派人商洽，願接受改編。閻錫山大為恐慌，9月17日與馮會面，決定聯合張發奎共同倒蔣。10月10日，以宋哲元名義自太原發出通電，擁閻、馮為總副司令。閻此時採取兩面政策，一方面挾持馮玉祥對南京施加壓力，另一方面則允諾蔣出兵相助，藉以要脅軍餉。但隨後即因閻錫山的雙面策略落空，而瓦解了閻馮的聯盟，蔣介石也將注意力轉向蘇聯與桂系的戰爭中。護黨救國軍的最後一波高潮，由負責豫西之戰受蔣倚重的唐生智，與背馮投蔣的石友三兩人掀起。唐生智在統有豫軍之後，12月1號在鄭州通電反蔣，自稱護黨救國軍第四路總司令。隔天，石友三在南京響應，自稱護黨救國軍第五路總司令。一時間河南韓復?與部分政府軍態度動搖，但很快隨著唐生智大敗於政府軍，與張發奎被粵軍與中央軍擊潰，護黨救國軍也進入尾聲，此時南北反蔣運動進入最後高潮，然已不再高張護黨救國的旗幟。