甲午戰後，北洋艦隊軍艦所剩無幾，南洋艦隊軍艦亦多殘破，不堪使用，光緒三十一年（1905），直隸總督袁世凱、兩江總督周馥建議將南洋、北洋現有艦船，合為一軍。宣統元年，清廷任命肅親王善耆、鎮國公載澤、尚書鐵良、提督薩鎮冰等人，負責籌建海軍工作。其後又任命貝勒載洵、提督薩鎮冰為籌辦海軍大臣，是年冬，正式成立海軍部，次年，清廷任命貝勒載洵為海軍大臣、薩鎮冰為海軍統制（海軍總司令）。甲午戰後，清廷認為日本的獲勝，是由於不斷向國外採購新艦，因此才能超越北洋艦隊。故許多官員認為「興復海軍，宜於洋廠訂造軍艦」。結果，從甲午戰後到宣統退位（1895-1911）16年間，清廷向國外購買巡洋艦6艘（海天、海圻、海籌、海容、海琛、肇和），驅逐艦2艘（飛霆、飛鷹）、魚雷艇12艘、砲艇14艘，在此基礎上，成立了巡洋艦隊與長江艦隊。不過，甲午戰後，西方與日本的海軍發展突飛猛進，由鐵甲艦發展而來的「戰鬥艦」成為海軍主力，列強無不積極製造或購買戰鬥艦。清朝海軍因缺乏戰鬥艦，海軍實力在世界各國當中日趨低落。