時間：明治34年(1901)11月—明治42年(1909)10月設置：二十廳（台北廳、基隆廳、深坑廳、宜蘭廳、桃仔園廳、新竹廳、苗栗廳、臺中廳、彰化廳、南投廳、斗六廳、嘉義廳、鹽水港廳、台南廳、鳳山廳、蕃薯寮廳、阿猴廳、恆春廳、台東廳、澎湖廳）原委：明治34年(1901) 11月，一則因為總督府認為縣下設辨務署，反而使政令傳達費時，而且機關多置浪費公帑，故決心實行廳制，直接由總督府統籌管理，方能達到中央集權的目的；再則後藤也希望藉小轄區體制來推動警察政治，再起改革浪潮。廢臺北縣、台中縣、台南縣，保留宜蘭廳、恒春廳、澎湖廳(其下共有七支廳)；臺北廳下轄枋橋(今板橋)、錫口(今松山)等六支廳；深坑廳管理景尾(今景美)、坪林尾二支廳；基隆廳管理金包里(今金山)、水返腳(汐止)四支廳地；原清屬新竹縣地（日治初分隸臺北、台中二縣）設立新竹廳；又以原清領末期南雅廳地設立桃仔園廳，尋改名桃園廳，設治桃園街；台中與苗栗廳各轄包括牛罵頭(今清水)及三叉河(三義)等五支廳；彰化廳原轄七支廳，後縮減為鹿港、北斗、員林、二林四支廳；以原清雲林縣地設立斗六廳；以原清埔里社廳地設立南投廳，治南投；嘉義廳本轄七支廳，但竹頭崎後併入中埔；鹽水港廳（今台南縣鹽水）設七支廳，但前期一設新營庄，後期改設於布袋嘴；台南廳原六後五，因廢除車路墘支廳；鳳山廳僅轄三廳；蕃薯寮廳（今高雄縣旗山）初設山杉林支廳，後改為阿里關支廳；台東有四支廳，阿猴（今屏東縣）原有六支廳，後僅保留東港、阿里港、潮州及枋寮四支廳。時間：明治42年(1909)10月—大正9年(1920)8月設置：十二廳(台北廳、宜蘭廳、桃園廳、新竹廳、臺中廳、南投廳、嘉義廳、台南廳、阿猴廳、台東廳、花蓮港廳、澎湖廳原委：明治42年(1909)10月，因佐久間左馬太總督鑑於各項建設工作已逐漸完成，故為能更進一步推行各項政策起見，決心擴張地方廳的區域，使政令更能順利推行，決心將原有的20廳裁撤、合併為12廳。裁深坑、基隆二廳入臺北廳，裁苗栗廳入新竹、台中二廳，裁彰化廳入台中廳，裁斗六廳入嘉義廳，裁撤鹽水港廳併入嘉義廳和台南廳，裁鳳山廳入台南廳，將蕃薯寮廳、恆春廳併入阿緱廳(1903年改名)，析台東廳設立花蓮港廳，駐花蓮港。其餘宜蘭、桃園、南投及澎湖等四廳轄地大體不變。