劉銘傳在1891年4月離職內渡，由邵友濂接任，由於財政短絀，新政也有所缺失，因為撤廢撫墾署、停建鐵路、停辦煤務局、學堂等等，改專注於行政吏治、文化、司法、財政、外交、設防練兵等較務實的事務，但是邵友濂亦注意北部的發展，南雅廳的設置即為一例。光緒20年，台北府屬大嵙崁地方，因該地「商賈輻輳，生業日繁。且地逼隘防，又值歷年用兵之後，奸民、游匪出沒靡常；彈壓稽查，在在均關緊要。……勢非輔佐分防，不足以資控制」。後經邵友濂奏請擬派分防同知一員管束原住民兼捕盜匪，而以淡水、新竹兩縣沿山地界歸該同知管轄，另外，雲林縣移治斗六門（今斗六）。因此學者認為南雅廳成為清領時期在台所設的最後一個縣級(分防廳)的行政單位。但也有一些資料顯示：邵友濂奏報設南亞廳之後，清廷雖然同意，但未幾戰爭突起，故南雅廳並未實際設立。