1659年，擔任臺灣商館通事的何斌歸附鄭成功，並詳告當時臺灣荷蘭當局的虛實，鄭成功推估當時荷蘭政府的實力有限，乃決定進取臺灣。1661年4月，鄭成功率軍攻打臺灣，鄭軍抵達澎湖後，發現澎湖幾乎無糧可徵，遂決定迅速東進臺灣，避開重兵駐守的大員，於4月底由水淺的鹿耳門登陸臺灣。當時荷蘭東印度公司總督雖不時獲得鄭軍有意攻打臺灣的情報，而臺灣長官揆一(Frederick Coyett)一再向巴達維亞要求增援，但戰備仍然十分薄弱。鄭軍登陸臺灣後與荷蘭守軍展開激戰，普羅民遮城守將萬倫坦(Jacobus Valentyn)不敵投降，但駐守於熱蘭遮城的荷蘭人並未馬上投降，而是先派使人與鄭成功談判。鄭荷雙方雖然展開談判，然而雙方要求之內容差距過大。鄭成功要求臺灣商館退出臺灣；而荷蘭只願增加每年的輸貢額，最後談判破裂，雙方繼續僵持。之後即使巴達維亞派軍增援，但仍無法擊退鄭軍。1662年元月，熱蘭遮城的荷軍已陷入彈盡糧絕的困境中，鄭軍便在此時發動總攻擊，荷蘭士氣低落，揆一此時知道無法繼續與鄭軍為敵，乃同意有條件投降。雙方經過五天的談判後，荷蘭人在鄭成功保證能安全撤離臺灣的條件下，全數撤離臺灣，鄭氏政權也正式入主臺灣。總計荷蘭人自1624年起至1662年為止，共統治臺灣38年。