清領時期臺灣的書院，其格局多為三進之建築。所謂一進係指橫向一列之房屋，三進即三列房屋。以兩進式書院格局為例，第一進（前座）稱儀門，第二進（後座）為講堂，中間為空地廣場，東西兩廂為學齋（學舍、書舍），門窗常見兩種格式。祭祀空間或是附於講堂，或另設別院。書院建築前後四個角落房間，常為浴室、廚房、寢室、儲藏室等。清領時期臺灣三進式書院之格局，通常第一進（前座）為門廳，有時建有門樓牌坊、東西閣。第二進（中座）為講堂，多為三間建築，大的書院有五間。有些書院如以中座或樓上為文昌閣、魁星樓者，講堂會設於後座。第三進（後座）多設計為魁星樓、文昌閣、尊經閣、澄觀閣等，少數做為寢室。東西兩側的廂房或學齋多設於建築後段，只有生童人數多時才全部作為學齋。第二進至第三進之空地，常設亭臺、水池或花園等造景。清領時期臺灣四進式書院之格局，通常第一進（前座）為大門；第二進（二座）或為講堂或為大堂；第三進（三座）或為大堂、客廳，或為講堂；第四進（後座）為魁星樓、文昌閣、尊經閣、御書樓。有時先賢祠、五子祠也建於此進。左右兩廂房為學齋，但房間數量多者，常以前院兩側廂房置福德祠、先賢堂、書樓等。一般祠堂放在講堂後面，主要原因在於書院建築，以後進房屋最為尊貴；另外則是認為講堂之學術根源，係從後面之祠堂而來。