朱一貴事件告一段落之後，清廷採行一些善後措施。第一、設置巡台御史，這是針對此事件乃是「官逼民反」而有的因應對策。第二、臺灣府治原本沒有築城，易攻難守，朱一貴事件就是最好的證明。雍正以後，臺灣各縣治以上開始築城，因限於經費，最初是栽種刺竹圍城，或是先圍一道堅固的籬笆。第三、閩浙總督於事平之後指示在台地方官「經理台疆事宜」辦法多項，其中有一大項是：不准人民居住鳳山、諸羅的山區，原有居民進行驅逐，房舍全部拆毀，山區用巨木封閉入口；山腳下十里以內不准人民居住，住家一律遷移，田地任其荒蕪：全台灣由北而南，沿山腳築土牆五、六尺高，深挖壕塹作為定界，越界者以盜賊論，要讓叛亂的人沒有藏匿的地方，番人也不能出來害人。後來藍鼎元委婉說明遷民劃界的實際困難與沒有必要，建議半線(今之彰化附近)以上應另設一縣，擴大、加強管轄範圍，成為後來彰化縣設縣之張本。